Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) · 2027
Workflow for Long-Read Amplicon Sequencing of Chikungunya Virus Using Oxford Nanopore Technology.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Branda Francesco, Ciccozzi Massimo, Scarpa Fabio
Аннотация
This protocol provides a comprehensive, step-by-step workflow for whole-genome sequencing of Chikungunya virus (CHIKV) using an amplicon-based strategy optimized for Oxford Nanopore Technologies (ONT) platforms. The procedure includes detailed instructions for sample handling, viral RNA extraction, quality control, cDNA synthesis, multiplex PCR amplification, library preparation, sequencing, and primary bioinformatic processing. The protocol is designed to maximize reproducibility across laboratories and is suitable for genomic surveillance applications, including outbreak investigation and molecular epidemiology, even when working with low-to-moderate viral loads.