Cell genomics · 2026
Telomere-to-telomere genome assembly and a pangenome for the rat.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Li Kai, Ciosek Julia L, Koren Sergey, Phillippy Adam M, Zhu Yaming, Lauer William A, Brooks Shelise Y, Bouffard Gerard G, Pickett Brandon D, Dumont Beth L, Smith Melissa L, Kalbfleisch Theodore S, Doris Peter A
Аннотация
We report a complete rodent telomere-to-telomere genome assembly from the brown rat, Rattus norvegicus. Annotation was enriched with multi-tissue long-read RNA sequencing and uncovered numerous novel genes. Assembly of both sex chromosomes reveals the absence of gene coding in the presumed pseudo-autosomal regions and the presence of centromeric satellite repeats on distal chromosome Y (chrY). We provide evidence of meiotic conjunction between Xp and Yq. The genome assembly reveals several expanded autosomal regions enriched for testis-expressed genes. Finally, we have generated a pangenome from recent high-quality assemblies of 8 distinct inbred rat strain genomes. This allows the strain-specific distribution of structural variation to be examined. Non-allelic homologous recombination has produced multiple copies of several genes with evidence of transcription from duplicated copies.