American journal of human genetics · 2010

Тщательное воспроизведение ассоциаций генотипа-фенотипа с множественными заболеваниями в электронной медицинской записи.

Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАНазвание и аннотация: Машинный перевод · не проверен

Обработка статьи · этапы, ошибки и управление

Загрузка состояния…

История · было → стало

Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.

Ritchie Marylyn D, Denny Joshua C, Crawford Dana C, Ramirez Andrea H, Weiner Justin B, Pulley Jill M, Basford Melissa A, Brown-Gentry Kristin, Balser Jeffrey R, Masys Daniel R, Haines Jonathan L, Roden Dan M

Аннотация

В качестве одного из подходов к быстрому формированию крупных, разнообразных групп для обнаружения и воспроизведения ассоциаций генотипа-фенотипа были предложены крупномасштабные базы данных ДНК, связанные с электронными системами медицинской записи (ЭМР). Однако неизвестно, в какой степени такие ресурсы способны реализовать это обещание. Мы изучили вопрос о том, можно ли использовать биохранитель ДНК, связанный с ЭМR, для обнаружения известных генотипно-фенотипных ассоциаций для five Болезни. Twenty-one СНП, которые ранее были замешаны в качестве обычных вариантов, предрасположенных к экспериментальной фибрилляции, болезни Крона, множественного склероза, ревматоидного артрита или типа 2 диабет был успешно генотипирован в 9483 накопленные пробы по сравнению 4 Mo в BioVU, медицинский центр Вандербильтского университета, биобанк ДНК. Ранее сообщенные коэффициенты вероятности (ОР(PR)) варьировались от 1.14 в адрес 2.36. По каждому фенотипу для выявления случаев использовались естественные методы обработки документов на языках и запросы на коды счетов (n = 70-698) и органов управления (n = 808-3818) из неопознанных медицинских карт. Каждый из 21 В ходе испытаний на объединение были получены точечные оценки в ожидаемом направлении. Были воспроизведены предыдущие ассоциации генотипов-фенотипов (p) < 0.05) 8/14 случаи, когда ПР (ПР) > 1.25, и 0/7 с меньшим ПР(PR). Во всех анализах, которые были надлежащим образом подготовлены, были выявлены важные с статистической точки зрения ассоциации. В каждом из five исследуемые болезни по крайней мере one Предыдущая информация об ассоциации была воспроизведена. Эти данные свидетельствуют о том, что фенотипы, представляющие собой клинические диагнозы, могут быть извлечены из систем ПМС, и они поддерживают использование ресурсов ДНК в сочетании с системами ПМС в качестве инструментов быстрого генерирования больших массивов данных, необходимых для воспроизведения ассоциаций, которые встречаются в научных кругах и которые открываются в области генома.

Оригинал публикации

Robust replication of genotype-phenotype associations across multiple diseases in an electronic medical record.

Large-scale DNA databanks linked to electronic medical record (EMR) systems have been proposed as an approach for rapidly generating large, diverse cohorts for discovery and replication of genotype-phenotype associations. However, the extent to which such resources are capable of delivering on this promise is unknown. We studied whether an EMR-linked DNA biorepository can be used to detect known genotype-phenotype associations for five diseases. Twenty-one SNPs previously implicated as common variants predisposing to atrial fibrillation, Crohn disease, multiple sclerosis, rheumatoid arthritis, or type 2 diabetes were successfully genotyped in 9483 samples accrued over 4 mo into BioVU, the Vanderbilt University Medical Center DNA biobank. Previously reported odds ratios (OR(PR)) ranged from 1.14 to 2.36. For each phenotype, natural language processing techniques and billing-code queries were used to identify cases (n = 70-698) and controls (n = 808-3818) from deidentified health records. Each of the 21 tests of association yielded point estimates in the expected direction. Previous genotype-phenotype associations were replicated (p < 0.05) in 8/14 cases when the OR(PR) was > 1.25, and in 0/7 with lower OR(PR). Statistically significant associations were detected in all analyses that were adequately powered. In each of the five diseases studied, at least one previously reported association was replicated. These data demonstrate that phenotypes representing clinical diagnoses can be extracted from EMR systems, and they support the use of DNA resources coupled to EMR systems as tools for rapid generation of large data sets required for replication of associations found in research cohorts and for discovery in genome science.

Предметные рубрики MeSH

Arthritis, Rheumatoid Atrial Fibrillation Case-Control Studies Crohn Disease DNA Diabetes Mellitus, Type 2 Electronic Health Records Genetic Association Studies Genome, Human Genome-Wide Association Study Genotype Humans Multiple Sclerosis Phenotype Polymorphism, Single Nucleotide

Тщательное воспроизведение ассоциаций генотипа-фенотипа с множественными заболеваниями в электронной медицинской записи.

Ошибки и ограничения

Аннотация

Robust replication of genotype-phenotype associations across multiple diseases in an electronic medical record.

Предметные рубрики MeSH