Nature biotechnology · 2023
Multimodal spatiotemporal phenotyping of human retinal organoid development.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Wahle Philipp, Brancati Giovanna, Harmel Christoph, He Zhisong, Gut Gabriele, Del Castillo Jacobo Sarabia, Xavier da Silveira Dos Santos Aline, Yu Qianhui, Noser Pascal, Fleck Jonas Simon, Gjeta Bruno, Pavlinić Dinko, Picelli Simone, Hess Max, Schmidt Gregor W, Lummen Tom T A, Hou Yanyan, Galliker Patricia, Goldblum David, Balogh Marton, Cowan Cameron S, Scholl Hendrik P N, Roska Botond, Renner Magdalena, Pelkmans Lucas, Treutlein Barbara, Camp J Gray
Аннотация
Organoids generated from human pluripotent stem cells provide experimental systems to study development and disease, but quantitative measurements across different spatial scales and molecular modalities are lacking. In this study, we generated multiplexed protein maps over a retinal organoid time course and primary adult human retinal tissue. We developed a toolkit to visualize progenitor and neuron location, the spatial arrangements of extracellular and subcellular components and global patterning in each organoid and primary tissue. In addition, we generated a single-cell transcriptome and chromatin accessibility timecourse dataset and inferred a gene regulatory network underlying organoid development. We integrated genomic data with spatially segmented nuclei into a multimodal atlas to explore organoid patterning and retinal ganglion cell (RGC) spatial neighborhoods, highlighting pathways involved in RGC cell death and showing that mosaic genetic perturbations in retinal organoids provide insight into cell fate regulation.