Genome medicine · 2026
COBT: a gene-based rare variant burden test for case-only study designs using aggregated genotypes from public reference cohorts.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Favier Antoine, Chounta Stefania, Garcia Alejandro, Jabot-Hanin Fabienne, Chen Xiaoyi, Garcelon Nicolas, Burgun Anita, Higueras Manuel, Guilloux Agathe, Benmerah Alexandre, Martin Yoann, Billot Katy, Rozet Jean-Michel, Perrault Isabelle, Cormier-Daire Valérie, Huber Céline, Zaidan Mohamad, Attie-Bitach Tania, Saunier Sophie, Rausell Antonio
Аннотация
Rare disease gene discovery is limited by small cohorts and the frequent absence of matched controls. We present the Case-Only Burden Test (COBT), a gene-based burden test for case-only designs accounting for multiple variants per individual and additive effects. COBT uses a Poisson model to test for excess variants in a gene relative to expectations from population mutation rates. Simulations show high power and competitive performance versus case-control burden tests. Validation on 1000 Genomes data demonstrated good model fit and low false-positive rates. Applied to 478 ciliopathy patients, COBT re-identified known causal genes and highlighted candidate variants in unsolved cases.