Новая генная сигнатура для прогнозирования времени следующего рецидива в множестве склероза с использованием периферийных моноядерных клеток крови.

AIM: Цель этого исследования заключалась в разработке и подтверждении генетической сигнатуры на основе периферийных моноядерно-кротовых клеток крови (ПБРК) для прогнозирования времени следующего рецидива множественных склерозов (МС). МЕТОДЫ: Набор данных GSE15245 (N = 94) был разделен на набор учебных материалов (N = 65) и набор испытаний (N = 29). Во-первых, набор учебных материалов был проанализирован с использованием анализа сети сбалансированного совместного выражения генов (WGCNA) для выявления ключевых модулей, которые были в значительной степени увязаны со временем следующего острого рецидива. Впоследствии в рамках этих ключевых модулей были проведены неариативные регрессионные анализы кокса, и были выявлены гены, связанные со временем повторения MS. Для дальнейшей доработки экстракции использовалась наименьшая абсолютная регрессия кокса оператора сокращения и отбора (LASSO). Затем генные сигнатуры были построены с помощью мультивариатной коксовой регрессии. Эффективность модели, основанной на базе данных комплекта учебных материалов, оценивалась с использованием кривых эксплуатационных характеристик приемника (ROC) и проверялась с использованием независимого испытательного набора. Кроме того, генные сигнатуры были также аттестованы для дифференциального выражения с использованием внешнего независимого набора данных GSE21942 (N = 29), а также экспериментальной проверки. Результат: с РГСНК были определены два ключевых модуля. В результате анализа Univerate Cox было получено 30 генов, связанных со временем рецидива MS из этих двух модулей, а затем регрессионный анализ LASSO дополнительно усовершенствовал выбор на четыре гена, а именно: BLK, P2RX5, GP1BA и PF4. Эти четыре гена были использованы в комплекте учебных данных для построения модели регрессии Кокса, и это продемонстрировало высокую эффективность прогнозирования в обучении, а также в тестовых наборах данных. Анализ внешних наборов данных и экспериментальная проверка подтвердили дифференциальное выражение BLK и P2RX5 у пациентов с MS. ЗАКЛЮЧЕНИЕ: BLK, P2RX5, GP1BA и PF4 появляются в качестве потенциальных прогнозов будущей активности заболеваний у людей с MS.