Genome biology · 2025
Integration of single-cell and spatial transcriptomics by SEU-TCA reveals the spatial origin of early cardiac progenitors.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
He Jingjing, Yang Yi, Jiang Rui, Zheng Yanying, Yang Xianfa, Jiang Xu, Xue Xin, Yang Zhongzhou, Jing Naihe, Cao Hailong, Luo Zhuojuan, Wei Ke, Xie Peng, Lin Chengqi
Аннотация
Obtaining single-cell spatial information remains a challenge in spatial transcriptomics. Here we develop SEU-TCA, a method that leverages transfer component analysis to improve single-cell spatial mapping accuracy. Application to multiple single-cell and spatial transcriptomic datasets shows superior performance in spatial deconvolution and cell mapping. Using SEU-TCA, we explore spatial gene expression and regulon activity during mouse gastrulation and identify anterior second heart field progenitors regulated by Irx1. Functional experiments reveal that Irx1 deletion disrupts anterior second heart field development and causes ventricular septal defects, underscoring SEU-TCA's potential for advancing developmental biology research.