MedElevator
Войти в исследования Genome biology · 2025
ST-FFPE-mIF: integrating spatial transcriptomics and multiplex immunofluorescence in formalin-fixed paraffin-embedded tissues using Stereo-seq.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Zhang Xue, Zhang Meng, Xu Yuan, Song Yangyang, Yang Xingfeng, Wu Yanan, Zhao Xuelin, Ran Dongsheng, Liu Xin, Huang Huaqiang, Lei Wenxiao, Li Hongyan, Zhang Yongfen, Xi Feng, Li Guibo, Liu Xing, Xu Luohao, Chen Ao, Liao Sha, Zhang Jiajun
Аннотация
While Stereo-seq-FFPE captures spatial gene expression in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples, it is limited to transcriptomic data. Here, we introduce ST-FFPE-mIF, a protocol that integrates eight-plex immunofluorescence staining with spatial transcriptomics in the same FFPE tissue section. Our approach extends Stereo-seq-FFPE to phenotypic analysis by enabling single-cell resolution through nuclear or membrane-based cell segmentation. We demonstrate how ST-FFPE-mIF supports robust spatial multi-omic profiling in cancer samples, offering a comprehensive view of molecular hierarchies from transcriptome to phenome.