Microbiome · 2026
The need for standardization and improved open (meta)data practices in metaproteomics.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Van Den Bossche Tim, Wolf Maximilian, Armengaud Jean, Arntzen Magnus Ø, Benndorf Dirk, Figeys Daniel, Grenga Lucia, Hettich Robert L, John Nithu Sara, Jagtap Pratik, Jehmlich Nico, Kleiner Manuel, Kunath Benoit J, Li Leyuan, Lipton Mary, Mesuere Bart, Neely Benjamin A, Ning Zhibin, Pedersen Ane Laura, Perez-Riverol Yasset, Rajan Jeena, Schallert Kay, Seifert Jana, Uzzau Sergio, Verschaffelt Pieter, Wilmes Paul, Vizcaíno Juan Antonio, Martens Lennart, Heyer Robert
Аннотация
Metaproteomics enables functional insight into microbial communities by identifying and quantifying proteins in complex samples. Yet, heterogeneous analytical workflows and the lack of standardization across experimental and bioinformatics stages hinder reproducibility and comparability, limiting integration with other omics data. We here present a community-developed reporting checklist tailored to the specific needs of metaproteomics. We also outline current efforts to enable structured and interoperable metadata capture, drawing on standards from proteomics and microbiome research wherever possible. By promoting transparent reporting and advancing metadata practices, our recommendations aim to align metaproteomics more closely with FAIR principles and support reproducible and interoperable research practices. Video Abstract.