Метагеномическая профайлирование Фекальной и Цекальной микробиоты и их антимикробных генов сопротивления на заднем дворе птицы коренных народов.

Преобладающим видом птицы в развивающихся странах является птица на заднем дворе коренных народов. Сельские мелкие фермеры в этих районах, как правило, используют систему свободного распределения (задние дворы), которая подвергает птицу различным условиям и широкому спектру микроорганизмов, влияющих на их рацион питания и кишечную микробиоту. В этом поперечном исследовании мы провели оценку микробных профилей местных птиц из заднего двора и их антимикробных генов устойчивости (ARGs) с использованием как цекаловых образцов, которые обеспечивают более точное представление кишечника кишечника микробиоты, так и фекальных образцов, что позволяет осуществлять неинвазивный мониторинг и скрининг патогенов. Мы проанализировали 32 объединенных образца фекального и цекалического происхождения с использованием метагеномики дробовика, после чего были проведены функциональные и антимикробные анализы резистентности (АМР) для выявления генов и метаболических путей, связанных со здоровьем и производством птицы. Мы сообщаем о наличии многих коммензальных микроорганизмов в местной птице на заднем дворе, при этом самыми многочисленными из них являются бактериоциды, твердые и протеобактерия. Наиболее доминирующим родом фекалий были Бактероиды, метанобревиобактер и Фокаейкола, в то время как бактериоиды, метанобактер и Хламидия доминировали в скеке. Никаких заметных различий в микробном разнообразии между пробами фекалий и цекалов выявлено не было. Анализ базы данных KEGG и COG выявил значительно обогащенные пути, связанные с метаболизмом, клеточными процессами и хранением и обработкой информации. Гены, которые обеспечивают устойчивость к тетрациклину, являются наиболее распространенными, что вызывает обеспокоенность по поводу рисков, связанных с ненадлежащим и чрезмерным использованием этого антибиотика при обработке птицы. Эти результаты углубляют наше понимание микробиома птицы, особенно в том, что касается птицы на заднем дворе. Кроме того, информация об ARG является ценным показателем использования антимикробных средств сельскими мелкими фермерами, которые перешли на систему свободного производства в Кении и других развивающихся странах. Эти выводы имеют решающее значение для фермеров и национального сектора животноводства в плане мониторинга ПМС в птицеводстве, что позволяет усовершенствовать практику управления птицеводством и принимать обоснованные политические решения.