MedElevator
Войти в исследования Изучение геномного ландшафта видов хламидиферов: к числу новых особенностей относятся многочисленные усеченные основные внешние мембранные белки, уникальные гены и хламидиальные пластичные ортопеды.
Аннотация
Недавно обнаруженные внутриклеточные бактерии, принадлежащие роду хламидиифратер, с видами хламидифатер фиэникоптери и хламидифратер-волукрис были изучены для изучения состава их геномов и их связи с хламидией, другим родом семейства хламидиацеа. Мы расследовали 4 изолирования Cf. volucris, 2 из которых были недавно секвенированы, и один Cf. fhoenicopteri вместе с 12 представителями видов хламидий. Наше исследование выявляет ранее непризнанные геномные структуры в хламидиифратере, используя гибридный последовательность и развивая аннотационные трубопроводы, давая представление об адаптации к конкретным видам и эволюционной динамике. Интеграция прочитанных данных о последовательности, всеобъемлющих стратегий перенаправления и пангеномики позволила локализовать уникальную зону пластичности и выявить новые генные группы в штаммах Хламидиифратера, что улучшает наше понимание хламидиальной архитектуры генома и пластичности в семействе Хламидиацеа. Наш анализ показал, что 761 CDS (~80%) делятся между членами обоих родов. Мы также определили 158 уникальных генов видов хламидиифратеров, но их аннотация остается сложной из-за отсутствия функционально аннотированных ортопедов в публичных базах данных. Полноразмерный ген OmpA, кодирующий главный внешний мембранный порин, был виден во всех штаммах хламидиифратера. Мы также описываем локализацию и структуру множественных усеченных CDS членов семейства Омпа, что является одним из самых интересных выводов этого исследования. Хотя анализ генома Hlamidiifrater spp. подтвердил многочисленные общие черты, которыми пользуются представители рода хламидий, было выявлено много уникальных геномных элементов, лежащих в основе особого фенотипа и отдельного генетического положения этих новых микроорганизмов.
Название и аннотация на языке оригинала
Exploring the genomic landscape of Chlamydiifrater species: novel features include multiple truncated major outer membrane proteins, unique genes and chlamydial plasticity zone orthologs.
Recently discovered obligate intracellular bacteria belonging to the genus Chlamydiifrater with the species of Chlamydiifrater phoenicopteri and Chlamydiifrater volucris were studied to explore the composition of their genomes and their relatedness to Chlamydia, the other genus of the family Chlamydiaceae. We investigated 4 isolates of Cf. volucris, 2 of them newly sequenced, and one of Cf. phoenicopteri alongside 12 representatives of the Chlamydia species. Our study uncovers previously unrecognized genomic structures within Chlamydiifrater using a hybrid sequencing approach and advanced annotation pipelines, providing insights into species-specific adaptations and evolutionary dynamics. The integration of long-read sequencing data, comprehensive re-annotation strategies and pan-genomics enabled the localization of the unique plasticity zone and the identification of novel gene clusters in Chlamydiifrater strains, which improves our understanding of chlamydial genome architecture and plasticity in the family Chlamydiaceae. Our analysis revealed that 761 CDS (~80%) are shared among members of both genera. We further identified 158 unique genes of Chlamydiifrater species, but their annotation remains challenging because of the absence of functionally annotated orthologs in public databases. A full-length ompA gene encoding the major outer membrane porin was seen in all Chlamydiifrater strains. We also describe the localization and structure of multiple truncated CDS of ompA family members, representing one of this study's most interesting findings. While genome analysis of Chlamydiifrater spp. confirmed numerous common features shared with representatives of the genus Chlamydia, many unique genomic elements were identified that underpin the distinct phenotype and separate genetic position of these new microorganisms.
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.