Последовательность хламидийных трахоматисов с высоким разрешением: улучшенные результаты по клиническим образцам с низким содержанием ДНК Тхоматиса.

Для хламидийных трахоматисов было разработано несколько программ машинописи мультилокационной последовательности (MLST). Схема MLST Bom основана на амплификации PCR и последовательности пяти гипервариантных генов и OmpA. В отличие от других схем хламидии MLST, программа Bom MLST дает более высокое разрешение и филогенетические деревья, которые сопоставимы с деревьями, полученными в ходе целой последовательности генома. Тем не менее, с помощью схемы MLST Бома были получены плохие результаты в клинических пробах с низкой концентрацией ДНК хламидии.

Результаты

В этой работе мы представляем усовершенствованную версию схемы, которая основана на тех же генах и базе данных MLST, что и система MLST Bom, но с недавно спроектированными подстилающими устройствами для гнезда 1 и 2 ступенек в жестких условиях. Кроме того, мы введем третий набор параметров для этапа последовательности, что значительно повышает эффективность анализа. Усовершенствованные капсюли были опробованы в силико с использованием набора данных о 141 целых последовательности геномов (РГС) и в ходе сравнительного анализа 32 клинических образцов. На основе пороговых значений цикла и результатов анализа кривых плавления, полученных в ходе PCR в режиме реального времени на этапах 1 и 2, мы разработали простую систему баллов и схему, которые позволяют идентифицировать ингибиторы реакции, а также прогнозировать с высокой точностью успех. Усовершенствованная версия MLST использовалась для получения геноварного распределения среди пациентов, посещающих клинику по ИППП в Тель-Авиве.

ВЫВОДЫ

Недавно разработанная версия MLST свидетельствует о значительном улучшении результатов анализа проб с очень низкими концентрациями ДНК хламидии. Аналогичная концепция может быть применима и к другим схемам MLST.