Снимок генетического разнообразия хламидии трахоматиса с использованием анализа последовательности мультилока в австралийской метрополии.

Методологии скрининга с высоким разрешением, позволяющие дифференцировать хламидиотрахоматис на уровне штамма, непосредственно из клинических образцов, могут дать подробную информацию, необходимую для решения таких эпидемиологических вопросов, как динамика отказа в лечении. Кроме того, они дают подробный снимок генетической вариации C. trachomatis, которая в настоящее время отсутствует в отношении австралийского населения. В контексте двух австралийских клинических испытаний мы провели оценку генетического разнообразия C. trachomatis и сравнили их с штаммами, циркулирующими по всему миру. Для изучения вариаций в Австралии мы использовали многолокационную последовательность с высоким разрешением (MLST) пяти сильно изменяющихся генетических регионов C. trachomatis. Образцы с установленными геномами были взяты из пула из 880 образцов с положительной реакцией на трахоматису в результате двух клинических исследований, в ходе которых 76 пар проб, которые оставались на уровне C. trachomatis-положительными для одного и того же генома, после лечения прошли анализ MLST, с тем чтобы провести различие между недостатками в лечении и реинфекцией. Анализ MLST выявил в общей сложности 25 типов последовательностей (ST), шесть новых вариантов аллеле и семь новых ST, не описанных нигде в мире, по сравнению с теми, которые имеются в международной базе данных C. trachomatis MLST. Из восьми наиболее распространенных в мире СТ семь были обнаружены в Австралии (четыре были получены от мужчин, вступающих в половые отношения с мужчинами (МСМ), и три - от гетеросексуалов). В пробах, взятых из популяции МШМ, в основном были обнаружены вновь выявленные ПТ. В заключение следует отметить, что MLST представил разнообразную характеристику штамма штамма C. trachomatis с новыми вращающимися ST, и ее можно было бы использовать для выявления местных сексуальных сетей, с тем чтобы сосредоточить внимание на таких мерах, как тестирование и уведомление партнеров в целях предотвращения перевоспитания.