Предсказание Intraserotypic Recombination в Enterovirus 71.

Энтровирусы хорошо известны своей способностью вызывать неврологические повреждения и паралич. Модель Enterovirus представляет собой полиомиелитвирус (PV), причинно-следственный состав полиомиелита — состояние, характеризующееся острым ледниковым параличом. Связанный с этим вирус, энтеровирус 71 (EV-A71), вызывает аналогичные клинические последствия в повторяющихся вспышках в Азии. Ретроспективный филогенетический анализ показал, что рекомбинация между циркулирующими штаммами EV-A71 порождает связанные со вспышкой штаммы, которые демонстрируют повышенную вирулентность и/или трансмиссивность. Хотя исследования механизма (механизмов) рекомбинации в PV проводятся в нескольких лабораториях, мало что известно о факторах, влияющих на рекомбинацию в EV-A71. Мы разработали клеточный анализ для изучения рекомбинации ЭВ-А71 на основе ранее сообщенных анализов рекомбинации полиомиелитвируса. Наши результаты показывают, что i) тип штамма EV-A71 и последовательность RNA влияют на частоту рекомбинации предсказуемым образом, что имитирует наблюдения, обнаруженные в природе; ii) рекомбинация в первую очередь является репликативным процессом, протекающим в зависимости от RNA полимеразы; iii) мутация, показываемая для сокращения рекомбинации в PV (L420A), аналогичным образом сокращает рекомбинацию EV-A71, что предполагает сохранение в механизме (механизмах); и iv) последовательность внутрисеротипных рекомбинантных геномов указывает на то, что изменение шаблона происходит с помощью механизма, который может потребовать определенной последовательности гомологии на перекрестке рекомбинации и что пуски для переключения шаблона могут быть независимыми. Разработка этой рекомбинации позволит продолжить изучение взаимосвязи между репликацией, рекомбинацией и болезнями. Рекомбинация IMPORTANC является механизмом, способствующим генетическому разнообразию. Мы описываем первое исследование для изучения рекомбинации EV-A71. Результаты этого анализа имитируют то, что наблюдается в природе и может быть использовано другими для прогнозирования будущих событий рекомбинации в группе энтеровирусов. Кроме того, наши результаты свидетельствуют о центральной роли, которую играет в процессе рекомбинации вирусная полимераза РНК, зависящая от РНК. Кроме того, наши результаты показывают, что изменения в консервированном остатке в RdRp, полученном от различных групп видов, оказывают аналогичное воздействие на жизнеспособный урожай рекомбинантных вирусов, что свидетельствует о сохранении в механизме.