MedElevator
Войти в исследования База данных и статистический анализ имеющих обязательную юридическую силу объектов в области некодового контроля вируса ОК.
Аннотация
Вирус JC (JCV), как архетип, создает скрытую или стойкую инфекцию на протяжении всей жизни у многих здоровых людей. В случае иммунокомпромиссных пациентов прототип JCV с переменными мутациями в области некодирования контроля (NCCR) вызывает прогрессивную многофукальную лейкоэнцефалопатию (PML), сильнейшую демиелионирующую болезнь. Это исследование было проведено в целях создания базы данных о последовательности НККР, аннотированной с сайтами, связанными с коэффициентом транскрипции (TFBS), и статистического анализа мутации НКЦНКЦ. JCVNCR были взяты из >1000 последовательностей, зарегистрированных в GenBank, и TFBS в рамках каждого НККР были определены с помощью компьютерного моделирования, за которым последовало изучение их распространенности, множественности и местоположения с помощью статистического анализа. В НККД прототипа JCV были значительно сокращены ограниченные типы ЦГБС, которые присутствуют главным образом в регионах D-F архетипного JCV. С другой стороны, данные подсчета моделей показали, что несколько ЦГБС, расположенных в регионах С и Е, как правило, перекрывают прототипы НККР. На основе данных базы данных BioGPS, гены, кодирующие коэффициенты транскрипции, которые связаны с этими TFBS, были выражены не только в мозгу, но и на периферийных участках. База данных и модели НККР, полученные в ходе этого исследования, могли бы стать подходящей платформой для анализа мутации и патогенности JCV.
Название и аннотация на языке оригинала
Database and Statistical Analyses of Transcription Factor Binding Sites in the Non-Coding Control Region of JC Virus.
JC virus (JCV), as an archetype, establishes a lifelong latent or persistent infection in many healthy individuals. In immunocompromised patients, prototype JCV with variable mutations in the non-coding control region (NCCR) causes progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), a severe demyelinating disease. This study was conducted to create a database of NCCR sequences annotated with transcription factor binding sites (TFBSs) and statistically analyze the mutational pattern of the JCV NCCR. JCV NCCRs were extracted from >1000 sequences registered in GenBank, and TFBSs within each NCCR were identified by computer simulation, followed by examination of their prevalence, multiplicity, and location by statistical analyses. In the NCCRs of the prototype JCV, the limited types of TFBSs, which are mainly present in regions D through F of archetype JCV, were significantly reduced. By contrast, modeling count data revealed that several TFBSs located in regions C and E tended to overlap in the prototype NCCRs. Based on data from the BioGPS database, genes encoding transcription factors that bind to these TFBSs were expressed not only in the brain but also in the peripheral sites. The database and NCCR patterns obtained in this study could be a suitable platform for analyzing JCV mutations and pathogenicity.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.