MedElevator
Войти в исследования Удельное и количественное обнаружение полиомавирусов человека BKV, JCV и SV40 в режиме реального времени.
Аннотация
КОЛИЧЕСТВО: полиомавирусы, заражающие людей, ВК-вирус (ВКВ), JC-вирус (JCV) и кремнийский вирус 40 (SV40), как правило, создают субклинические стойкие инфекции. Однако реактивация этих вирусов в иммунокомпромиссных хостингах связана с почечной нефропатией и геморрагическим цититом (ГК), вызванным БКВ, и прогрессивной многофукальной лейкоэнцефалопатией (ПМЛ), вызванной JCV. Кроме того, SV40 ассоциируется с несколькими видами рака человека, включая первичный рак мозга и костей, мезотелиомы и лимфому не Ходжкина. Улучшения в области обнаружения этих вирусов могут способствовать улучшению диагностики и лечения больных.
ЦЕЛЬ
Разработка чувствительных и конкретных количественных полимеразовых цепных реакций в режиме реального времени (RQ-PCR) для выявления последовательности Т-антигенных ДНК в полиомавирусах человека BKV, JCV и SV40 с использованием системы обнаружения последовательности ABI Prips 7000.
DESIGN
Были разработаны расчеты для абсолютной количественной оценки вирусных последовательностей Т-г и проведена оценка чувствительности и специфичности. Также был разработан и оценен количественный анализ для измерения однократного гена человека RNASE P, с тем чтобы нормализовать номера вирусных генокопий на числа клеток.
Результаты
Количественная оценка целевых генов чувствительна и специфичена в 7-х динамических диапазонах. Десять копий каждого вирусного и клеточного гена воспроизводимо и точно обнаруживаются. Чувствительность обнаружения анализов RQ-PCR увеличивается в 10 - 100 раз по сравнению с обычными протоколами ПЦР и агарозного геля. Граферы и зонды, используемые для обнаружения вирусных генов, являются специфическими для каждого вируса, и в динамических диапазонах стандартных разбавления не существует перекрестной реактивности. Чувствительность обнаружения для этих анализов не уменьшается в человеческих клеточных экстрактах; однако различные протоколы извлечения ДНК могут влиять на количественную оценку.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Эти анализы обеспечивают метод быстрой и конкретной количественной оценки геномов полиомавируса на клетку в пробах человека.
Название и аннотация на языке оригинала
Specific and quantitative detection of human polyomaviruses BKV, JCV, and SV40 by real time PCR.
BACKGROUND
The polyomaviruses that infect humans, BK virus (BKV), JC virus (JCV), and simian virus 40 (SV40), typically establish subclinical persistent infections. However, reactivation of these viruses in immunocompromised hosts is associated with renal nephropathy and hemorrhagic cystitis (HC) caused by BKV and with progressive multifocal leukoencephalopathy (PML) caused by JCV. Additionally, SV40 is associated with several types of human cancers including primary brain and bone cancers, mesotheliomas, and non-Hodgkin's lymphoma. Advancements in detection of these viruses may contribute to improved diagnosis and treatment of affected patients.
OBJECTIVE
To develop sensitive and specific real time quantitative polymerase chain reaction (RQ-PCR) assays for the detection of T-antigen DNA sequences of the human polyomaviruses BKV, JCV, and SV40 using the ABI Prism 7000 Sequence Detection System.
STUDY
DESIGN
Assays for absolute quantification of the viral T-ag sequences were designed and the sensitivity and specificity were evaluated. A quantitative assay to measure the single copy human RNAse P gene was also developed and evaluated in order to normalize viral gene copy numbers to cell numbers.
RESULTS
Quantification of the target genes is sensitive and specific over a 7 log dynamic range. Ten copies each of the viral and cellular genes are reproducibly and accurately detected. The sensitivity of detection of the RQ-PCR assays is increased 10- to 100-fold compared to conventional PCR and agarose gel protocols. The primers and probes used to detect the viral genes are specific for each virus and there is no cross reactivity within the dynamic range of the standard dilutions. The sensitivity of detection for these assays is not reduced in human cellular extracts; however, different DNA extraction protocols may affect quantification.
CONCLUSION
These assays provide a technique for rapid and specific quantification of polyomavirus genomes per cell in human samples.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.