Вирусная регуляционная последовательность в почечной ткани, получаемая от пациентов с нефропатией BK.

В геноме полиомавируса содержится область некодирования (NCCR), которая, как считается, содержит элементы усиления, которые являются важными инициаторами вирусной транскрипции. Мы предположили, что вариации ДНК в этом регионе играют определенную роль в патогенезе нефропатии вируса BK (BKVAN).

МЕТОДЫ

Тканевые секции были получены из 26 биопсий с парафинами и BKVAN, полученных от 15 пациентов. Разделы были лизаны в буфере протеиназы K и подвергнуты ДНК-последовательности с использованием секвенировочных реакций Большого Дая с помощью автоматизированного секвенирования ДНК (ABI 310). Анатомия NCCR была сопоставлена с геномной последовательностью архетипного штамма BKV WW.

РЕЗУЛЬТАТЫ

Двенадцать связующих площадок с предполагаемой транскрипцией показали заменители, исключения или дублирование нуклеотида по крайней мере в одной из изученных биопсий. Чаще всего изменения происходят на связующих участках для стимулятора факторов стимулирования гранулоцита/макропатии (24/26 биопсии) и коэффициента транскрипции ядерного фактора I (NF-I) (21/22 биопсии). Менее частые изменения наблюдались на других связующих участках, включая T антиген (3/22 биопсии) и цитомегаловирус непосредственно на раннем этапе (CMV IE-1) (3/22 биопсии). Пять биопсий продемонстрировали сложную перестройку, напоминающую те, которые были описаны в связи с вирусом JC прогрессивной многофукальной лейкоэнцефалопатии.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Регулирующая область BKV показывает гетерогенность последовательности в биопсии с вирусной нефропатией. Вариации последовательности часто влияют на кажущиеся связующие сайты с коэффициентом транскрипции, что может иметь последствия для рекламной деятельности, связанной с генами, имеющими важное значение в репликации вирусов. В некоторых случаях были выявлены архитектурные перестановки, однако, как представляется, они не являются предварительным условием для патогенеза БКВАН.