Proteomics · 2021
A prostate cancer tissue specific spectral library for targeted proteomic analysis.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sun Rui, Lyu Mengge, Liang Shuang, Ge Weigang, Wang Yingrui, Ding Xuan, Zhang Cheng, Zhou Yan, Chen Shanjun, Chen Lirong, Guo Tiannan
Аннотация
Prostate cancer is the most common cancer in males worldwide. Mass spectrometry-based targeted proteomics has demonstrated great potential in quantifying proteins from formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) and (fresh) frozen biopsy tissues. Here we provide a comprehensive tissue-specific spectral library for targeted proteomic analysis of prostate tissue samples. Benign and malignant FFPE prostate tissue samples were processed into peptide samples by pressure cycling technology (PCT)-assisted sample preparation, and fractionated with high-pH reversed phase liquid chromatography (RPLC). Based on data-dependent acquisition (DDA) MS analysis using a TripleTOF 6600, we built a library containing 108,533 precursors, 84,198 peptides and 9384 unique proteins (1% FDR). The applicability of the library was demonstrated in prostate specimens.