Естественный отбор формирует использование кодона и адаптирует NS1 в патогенных флавиирусах, переносимых комарами.

Протеин NS1 из девяти флавивирусов, передающихся через комары, включая вирус Денге 1-4, японский энцефалит, вирус Западного Нила, вирус Желтой лихорадки, вирус Тембусу и вирус Зика, демонстрирует явное использование кодона и эволюционные черты. Анализ использования кодона показывает заметные отклонения в составе и отсутствие консерватизма в NS1 с отличительными эволюционными чертами от его ОРФ. Анализ относительно синонимов использования кодона (RSCU) показывает, что гены NS1 имеют неконсервативные модели RSCU в различных патогенных флавивирусах, переносимых комарами. Анализ основных компонентов (ПХА) на основе значений RSCU, фактического числа кодонов (ENC)-GC3 и анализа строения согласно правилу 2 (PR2) показывает сходство в схемах использования кодона генов NS1 между различными патогенными флавиирузами, передаваемыми через комары. Результаты ENC-GC3 и PR2 наряду с анализом нейтральности и давления отбора подтверждают, что естественный отбор, особенно очищенный отбор, играет главную роль в формировании использования кодона NS1. Кроме того, NS1 подвергается более сильному положительному отбору, чем ОРФ, что приводит к более высокой степени адаптируемости хост-компьютерной системы к кодону, например к более высокому индексу ИКВ, гидрофилистике, ароматизму и низкому уровню использования КПГ. Эти особенности свидетельствуют о том, что структура использования кодона NS1 играет важнейшую роль в адаптации к вирусу и механизмах иммунного уклонения, поддерживая разработку и оптимизацию вакцин на базе NS1.