Прогнозирование структурной биологии вируса Зика: проблемы и возможности для вмешательства.

Вирус Зика - это новый кризис, поскольку инфекция связана с серьезными неврологическими расстройствами - синдромом Гильен-Барре и микроцефалией плода. В настоящее время нет вариантов лечения вирусной инфекции Зика. Этот вирус является частью рода флавивирусов и тесно связан с вирусом Денге-Февер, вирусом Западного Нила и японским вирусом энцефалита. Как и другие флавивирусы, геном вируса Зика кодирует три структурных белка (капсид, прекурсорная мембрана и конверт) и семь неструктурных белков (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B и NS5). В настоящее время не имеется структурной информации об этих вирусных белках для содействия разработке вакцин и рациональному обнаружению лекарств.

МЕТОДЫ

Структуры для всех вирусных белков Зика были предсказаны с использованием экспериментальных шаблонов, доступных от тесно связанных вирусов, с использованием сервера швейцарской модели. Эти гомологические модели сравнивались с мишенями наркотиков из других вирусов с использованием программного обеспечения Visual Molecular Dynamics Multiseq. Последовательное соединение всех вирусных полипротеинов Зика проводилось с использованием Clustal Omega для выявления мутации в конкретных вирусных белках, связанных с патогенезом.

РЕЗУЛЬТАТЫ

Прекурсорная мембрана, конверт и белки NS1 уникальны для вируса Зика, что указывает на возможные проблемы в разработке вакцин. Последовательные различия между штаммами вируса Зика возникают в критических положениях на прекурсорной мембране, конверте, NS2A, NS3, NS4B и NS5 в качестве потенциальной лочи для дифференциального патогенеза. Наркоманные карманы в Вирусе Денге-Февер и Вирусе Западного Нила NS3 и NS5 сохраняются в прогнозируемых структурах вируса Зика.

ВЫВОДЫ

С помощью ингибиторов NS3 и NS5 из других флавивирусов можно, скорее всего, определить ведущих кандидатов на получение вируса Зика, а представленные структуры могут создать возможности для разработки стратегий борьбы с вирусом Зика.