MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1016/j.meegid.2017.08.012
Необъективное использование кодона в гене N вируса бешенства.
Аннотация
С момента своего появления вирус бешенства (RABV) является серьезной проблемой во всем мире, особенно в развивающихся странах. нуклеопротеин (N) RABV очень бережен и ключ к генетическому печатанию, поэтому более глубокое понимание генной эволюционной траектории N может помочь в разработке контрольных мер. Мы обнаружили, что N ген RABV имеет низкую погрешность использования кодона со средним фактическим числом кодонов (ENC) 56,33 под влиянием как мутации давления, так и естественного отбора. Однако, как показал нейтральный анализ, естественный отбор доминирует над давлением мутации. Кроме того, мы обнаружили, что сбой в использовании динуклеотида отчасти способствовал отклонению в использовании кодона RABV. С другой стороны, основываясь на клипах филогенетического дерева, мы обнаружили, что эволюционная скорость Африки 2 клина была самой высокой с средним значением 3,75×10-3 заменителей на участок в год. Прежде всего, наши результаты в отношении N гена РАБВ-кодона будут служить будущим исследованиям эволюции РАБВ.
Название и аннотация на языке оригинала
Codon usage bias in the N gene of rabies virus.
Since its emergence, rabies virus (RABV) has been a major worldwide concern especially in developing countries. The nucleoprotein (N) of RABV is highly conserved and key for genetic typing, thus a better understanding of the N gene evolutionary trajectory can assist the development of control measures. We found that the N gene of RABV has a low codon usage bias with a mean effective number of codons (ENC) value of 56.33 influenced by both mutation pressure and natural selection. However, neutrality analysis indicated that natural selection dominates over mutation pressure. Additionally, we found that dinucleotide bias partly contributed to RABV codon usage bias. On the other hand, based on the clades of phylogenetic tree, we found that the evolutionary rate of the Africa 2 clade was the highest with a mean value of 3.75×10-3 substitutions per site per year. Above all, our results regarding N gene of RABV codon usage will serve future RABV evolution research.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.