Предположение эволюционного времени Омского геморрагического лихорадочного вируса.

До 2020 года в Генбанке существовало только три оригинальных полных последовательности генома (CG) нуклеотида Омского геморрагического вируса лихорадки (OHFV). По этой причине оценки эволюционных темпов и расхождений во времени, о которых говорится в литературе, основывались на последовательности генов Е, но, в частности, без временной оценки сигналов, так что их надежность является неясной. По состоянию на июль 2022 года было опубликовано 47 последовательностей CG OHFV, что позволяет проверить временной сигнал в данных и определить беспристрастную и надежную скорость замещения и расходящиеся временные значения. Регрессионный анализ в программном обеспечении TempEst показал, что в образцах OHFV для полного набора данных с открытым считыванием (ORF) (R2 = 0,42) поведение, более похожее на часы, по сравнению с набором данных о генах E (R2 = 0,11). Байезийская оценка временного сигнала показала наличие весьма веских доказательств с коэффициентом log Bayes более 5 в пользу временного сигнала во всех наборах данных. Наши результаты, основанные на полных последовательностях ОРФ, показали более точный коэффициент замещения OHFV (95% от максимальной плотности запчастей (HPD), 9,1 х 10-5-1,8 х 10-4 замещения на участок в год) и высоту корня деревьев (416-896 лет назад) по сравнению с предыдущими оценками. Полученная скорость значительно выше, чем вирус энцефалита, передаваемый клещами, по крайней мере в 3,8 раза. Филогенетический анализ и реконструирование прошлой динамики населения выявили тенденцию к снижению генетического разнообразия OHFV, однако имелись филогеномические данные о том, что имплицитные субпопуляции вирусов эволюционировали на местном уровне и пережили фазу экспоненциального роста.