MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1016/j.ttbdis.2018.03.032
Венгерские вирусы энцефалита тика, изолированные от концентрации 0,5 га, тесно связаны с финскими штаммами.
Аннотация
В Венгрии в течение шестилетнего периода (2011 - 2016 годы) четыре штамма вируса энцефалита, переносимого клещами, были изолированы от небольшой концентрации в 0,5 га. Два штамма с идентичными геномами были изолированы от рикодов Ixodes и Haemaphysalis concinna два месяца друг от друга, что свидетельствует о том, что вирус не развивался отдельно в этих клещах. Целый геном секвенирования вируса показал, что изолированность отличается друг от друга в 4 аминокислотах и 9 нуклеотидах. Рассчитанные коэффициенты замещения указывают на то, что скорость эволюции генома варьируется в зависимости от среды обитания и постоянно меняется даже в рамках одной и той же концентрации. Изменения аминокислоты повлияли на гены капсида, конверта, NS2a и NS5, и по одной мутации каждая из них произошла в генах 5' и 3' NCR, а также в премембране, NS2a и NS5. Филогенетические анализы, основанные на полных последовательностях кодирования ОРФ, показали, что изолирующие вещества относятся к европейскому подтипу вируса и тесно связаны с штаммами финской кумлинге, баварской изолацией Лейлы и двумя изолированными от российского происхождения, но более удаленными от вирусов из соседних центральноевропейских стран. Очевидно, что эта изоляция имеет общее происхождение и, вероятно, связана с мигрирующими птицами. Это первые опубликованные полные последовательности венгерских TBEV.
Название и аннотация на языке оригинала
Hungarian tick-borne encephalitis viruses isolated from a 0.5-ha focus are closely related to Finnish strains.
Four tick-borne encephalitis virus strains were isolated from a small 0.5-ha focus over a six-year-long period (2011-2016) in Hungary. Two strains with identical genomes were isolated from Ixodes ricinus and Haemaphysalis concinna two months apart, which shows that the virus had not evolved separately in these tick species. Whole-genome sequencing of the virus revealed that the isolates differed from each other in 4 amino acids and 9 nucleotides. The calculated substitution rates indicated that the speed of genome evolution differs from habitat to habitat, and continuously changes even within the same focus. The amino acid changes affected the capsid, envelope, NS2a and NS5 genes, and one mutation each occurred in the 5' and 3' NCR as well as the premembrane, NS2a and NS5 genes. Phylogenetic analyses based on complete coding ORF sequences showed that the isolates belong to the European subtype of the virus and are closely related to the Finnish Kumlinge strains, the Bavarian isolate Leila and two isolates of Russian origin, but more distantly related to viruses from the neighbouring Central European countries. These isolates obviously have a common origin and are probably connected by migrating birds. These are the first published complete Hungarian TBEV sequences.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.