MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1016/j.meegid.2017.11.003
Вирус Западного Нила, Anophels flavivirus, новичок флавивируса, а также Rhabdovirus Turchin, похожий на Merida, в полевых комарах, собранных из Фракии и Анатолии.
Аннотация
Москиты участвуют в передаче и лечении нескольких вирусных заболеваний, оказывающих значительное воздействие на здоровье. Усилия по биоразведке также выявили вирусы, характерные для конкретных насекомых, которые, как было замечено, соприкасаются с патогенными штаммами. В настоящем докладе излагаются результаты обследования флавивируса и рхабдовируса, проведенного в Восточной Фракии и Эгейской области Анатолии в 2016 году, включая и расширяющиеся районы с ранее документально подтвержденной вирусной активностью. Когорта комаров в составе 1545 человек, состоящая из 14 видов, была собрана и проверена в 108 пулах с помощью общего и конкретного усиления и прямого метагеномии по секвенированию следующего поколения. Семь комаров (6,4%) были положительными при отборе флавивируса. Вирусная линия Западного Нила 1 клайда 1а была описана в бильярдах Culex pipiens sensu lato образцов, что обеспечивает первоначальное обнаружение вируса в Эгейском регионе после вспышки 2010 года. В пуле Anophels maculipennis sensu lato были получены последовательности, тесно связанные с Anopheles flaviiruss, что сходно с несколькими африканскими и австралийскими штаммами этого нового флавиварного клеща, специально предназначенного для насекомых. В бассейнах, состоящих из уранотений гунгикулата (n=3), Cx. pipiens s.l. (n=1) и Aedes caspius (n=1) комаров, были описаны последовательности новых флавивирусов, далеко связанных с Flavivirus AV2011, которые ранее были выявлены в Испании и Турции. Кроме того, в двух бассейнах Ur. gungiculata были обнаружены формы нового аромата ДНК. Эти последовательности очень похожи на последовательности, усиленные вирусной РНК, с не нарушенными системами чтения, предполагают наличие вирусных ДНК в естественных условиях в хостеврах комаров. Скрининг Rhabdovirus выявил последовательности недавно описываемого нового вируса, названного вирусом Merida-подобным Турции (MERDLVT) в 5 Cx. pipiens s.l. пулах (4,6%). Частичные генные последовательности L и N MERDLVT были хорошо учтены среди штаммов, что свидетельствует о географическом кооперировании в филогенетический анализ. Метагеномика обеспечивает почти полную геномную последовательность в образце, обнаруживая идентичную структуру генома и ограниченное отклонение от прототипа MERDLVT.
Название и аннотация на языке оригинала
West Nile virus, Anopheles flavivirus, a novel flavivirus as well as Merida-like rhabdovirus Turkey in field-collected mosquitoes from Thrace and Anatolia.
Mosquitoes are involved in the transmission and maintenance of several viral diseases with significant health impact. Biosurveillance efforts have also revealed insect-specific viruses, observed to cocirculate with pathogenic strains. This report describes the findings of flavivirus and rhabdovirus screening, performed in eastern Thrace and Aegean region of Anatolia during 2016, including and expanding on locations with previously-documented virus activity. A mosquito cohort of 1545 individuals comprising 14 species were collected and screened in 108 pools via generic and specific amplification and direct metagenomics by next generation sequencing. Seven mosquito pools (6.4%) were positive in the flavivirus screening. West Nile virus lineage 1 clade 1a sequences were characterized in a pool Culex pipiens sensu lato specimens, providing the initial virus detection in Aegean region following 2010 outbreak. In an Anopheles maculipennis sensu lato pool, sequences closely-related to Anopheles flaviviruses were obtained, with similarities to several African and Australian strains of this new insect-specific flavivirus clade. In pools comprising Uranotaenia unguiculata (n=3), Cx. pipiens s.l. (n=1) and Aedes caspius (n=1) mosquitoes, sequences of a novel flavivirus, distantly-related to Flavivirus AV2011, identified previously in Spain and Turkey, were characterized. Moreover, DNA forms of the novel flavivirus were detected in two Ur. unguiculata pools. These sequences were highly-similar to the sequences amplified from viral RNA, with undisrupted reading frames, suggest the occurrence of viral DNA forms in natural conditions within mosquito hosts. Rhabdovirus screening revealed sequences of a recently-described novel virus, named the Merida-like virus Turkey (MERDLVT) in 5 Cx. pipiens s.l. pools (4.6%). Partial L and N gene sequences of MERDLVT were well-conserved among strains, with evidence for geographical clustering in phylogenetic analyses. Metagenomics provided the near-full genomic sequence in a specimen, revealing an identical genome organization and limited divergence from the prototype MERDLVT isolate.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.