MedElevator
Войти в исследования Национальное Геномическое наблюдение за респираторными аденовирусами человека в 2023 - 2024 годах: свидетельства широкого разнообразия и рекомбинации в России.
Аннотация
Человеческие аденовирусы (HAdVs) распределены по всему миру патогенами, способными вызывать широкий спектр клинических проявлений, особенно острые респираторные инфекции. Однако их геномное разнообразие по-прежнему недостаточно характеризуется наличием значительных географических пробелов в имеющихся данных о последовательности, в том числе по России, где до начала этой работы было сдано лишь несколько полных геномов. В ходе этого исследования мы проанализировали более 1200 PCR-позитивных дыхательных путей, собранных у госпитализированных пациентов в рамках обычных проектов наблюдения и Глобальной сети наблюдения за больницами гриппа (GIHSN) во многих российских регионах в течение 2023-2024 годов. Вирусная изоляция, за которой последовала последовательность следующего поколения, позволила получить 128 полных геномов HADV, представляющих виды B, C и D. Набор данных включал 27 B3, 9 B7, 44 B55, 12 C1, 16 C2, 4 C5, 7 C89, 5 C108 и один D109 геном, а также три нераспределенных рекомбинантных вируса с p89h5f5, p5h6f6 и p5h57f6 геномными структурами (p, пентонная база; h, гексон; f, волокна). Филогенетические анализы целых геномов и генов капсида выявили значительную изменчивость в иммуногенных регионах, особенно в видах C, и выявили группы в вирусах B3. В частности, HADV-D109 был обнаружен в России, что ознаменовало собой лишь второе обнаружение этого генотипа во всем мире. В совокупности эти результаты существенно расширяют существующий геномный ландшафт HADV, подчеркивая распространение различных и рекомбинированных штаммов в России.
Название и аннотация на языке оригинала
Nationwide Genomic Surveillance of Human Respiratory Adenoviruses in 2023-2024: Evidence of Extensive Diversity and Recombination in Russia.
Human adenoviruses (HAdVs) are globally distributed pathogens capable of causing a wide range of clinical manifestations, particularly acute respiratory infections. However, their genomic diversity remains insufficiently characterized, with substantial geographic gaps in available sequence data, including for Russia, where only a few complete genomes have been deposited prior to this work. In this study, we analyzed more than 1200 PCR-positive respiratory specimens collected from hospitalized patients within routine surveillance projects and the Global Influenza Hospital Surveillance Network (GIHSN) across plenty of Russian regions during 2023-2024. Virus isolation followed by next-generation sequencing yielded 128 complete HAdV genomes representing species B, C, and D. The dataset included 27 B3, 9 B7, 44 B55, 12 C1, 16 C2, 4 C5, 7 C89, 5 C108, and one D109 genome, as well as three unassigned recombinant viruses with p89h5f5, p5h6f6 and p5h57f6 genomic structures (p, penton base; h, hexon; f, fiber). Phylogenetic analyses of whole genomes and capsid genes revealed extensive variability in immunogenic regions, particularly in species C, and identified clusters within B3 viruses. Notably, HAdV-D109 was identified in Russia, marking only the second reported detection of this genotype worldwide. Together, these findings substantially expand the currently available genomic landscape of HAdVs, highlighting the circulation of diverse and recombinant strains in Russia.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.