Journal of proteome research · 2020
HYPERsol: High-Quality Data from Archival FFPE Tissue for Clinical Proteomics.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Marchione Dylan M, Ilieva Ilyana, Devins Kyle, Sharpe Danielle, Pappin Darryl J, Garcia Benjamin A, Wilson John P, Wojcik John B
Аннотация
Massive formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue archives exist worldwide, representing an invaluable resource for clinical proteomics research. However, current protocols for FFPE proteomics lack standardization, efficiency, reproducibility, and scalability. Here we present high-yield protein extraction and recovery by direct solubilization (HYPERsol), an optimized workflow using ultrasonication and S-Trap sample processing that enables proteome coverage and quantification from FFPE samples comparable to that achieved from flash-frozen tissue (average R = 0.936). When applied to archival samples, HYPERsol resulted in high-quality data from FFPE specimens in storage for up to 17 years, and may enable the discovery of new immunohistochemical markers.