Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) · 2021
Parameterization of a Dioxygen Binding Metal Site Using the MCPB.py Program.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Li Pengfei, Merz Kenneth M
Аннотация
The MCPB.py program greatly facilitates force field parameterization for metal sites in metalloproteins and organometallic compounds. Herein we present an example of MCPB.py to the parameterization of the dioxygen binding metal site of peptidylglycine-alphahydroxylating monooxygenase (PHM), which contains a copper ion. In this example, we also extend the functionality of MCPB.py to support molecular dynamics (MD) simulations in GROMACS through a python script. Illustrative MD simulations were performed using GROMACS and the results were analyzed. Notes about the program were also provided in this chapter, to assist MCPB.py users for metal site parameterizations.