MedElevator Войти в исследования
← Поиск публикаций

DOI 10.1007/s00894-019-4139-8

Медицинская библиотека · Journal of molecular modeling · 2019

A comparison of computational methodologies for the structural modelling of biologically relevant zinc complexes.

Savasci Gökcen, Borges-Martínez Merlys, Berger Raphael J F, Ochsenfeld Christian, Mera-Adasme Raúl

Сравнительное исследованиеСтатьяПеревод в очереди

Аннотация

The impact of a variety of modern computational methods on the structure of biologically relevant zinc complexes is studied. Different density functionals and a Hartree-Fock-based method, scalar-relativistic effects, and basis set integration grid choices, among others, are assessed for set of high-resolution crystallographic structures. While a previous study recommends incorporating relativistic effects into density functional theory calculations in order to improve the accuracy of obtained geometries for small Zn(II) coordination compounds, we show that, for the set in study, relativistic effects do not affect the geometries to a significant extent. The PBEh-3c composite method emerges as good alternative for the treatment of Zn(II) complexes, while the HF-3c method can be employed when computational efficiency is important. Graphical Abstract Which methods are best suited for the computation of Zn(II) bioligand complexes?

Для цитирования: Savasci Gökcen, Borges-Martínez Merlys, Berger Raphael J F, Ochsenfeld Christian, Mera-Adasme Raúl. A comparison of computational methodologies for the structural modelling of biologically relevant zinc complexes.. Journal of molecular modeling. 2019. DOI: 10.1007/s00894-019-4139-8.

Предметные рубрики MeSH

Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…

История · было → стало

Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.

Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.