MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1016/j.scitotenv.2018.07.213
Виром Кито: Метагеномический анализ вирусного разнообразия городских потоков столицы Эквадора.
Аннотация
В Кито микробиологическое загрязнение поверхностных вод представляет собой проблему для здоровья населения, главным образом из-за отсутствия очистки сточных вод из городских сточных вод. Загрязненная вода способствует передаче многих инъекционных патогенов благодаря прямому потреблению, сельскохозяйственному и рекреационному использованию. Среди различных патогенов, присутствующих в городских сбросах, вирусы играют важную роль в борьбе с болезнями, будучи, в частности, причинами гастроэнтерита, гепатита, менингита, респираторных инфекций. В этом исследовании анализируется наличие вирусов в сильно затронутых поверхностных водах городских рек с использованием методов секвенирования следующего поколения. Были выбраны три репрезентативных места расположения городских рек, которые получают основные сбросы из канализационной системы Кито. Образцы воды мощностью 500 мл были сосредоточены методом флокации сплавленного молока, а вирусная нуклеиновая кислота была извлечена и обработана для секвенирования высокой пропускной способности с использованием " Иллюмина Мисек " . Полученные результаты позволили получить весьма актуальные данные о циркулирующих вирусах в столице Эквадора. Было получено в общей сложности 29 вирусных семей, из которых 26 видов были связаны с инфекциями у человека. Из 26 выявленных видов несколько были связаны с гастроэнтеритом: человеческий мастаденовирус F, Буфавирус, Саппоровирус, вирус Норуот и Мамастровирус 1. Были также обнаружены: гаммапапиломавирус, связанный с кожными инфекциями, полиомавирус 1, связанный с случаями повреждения почек, параховирус А, описанный как причина неонатального сепсиса с неврологическими последствиями, и гепатовирус А, этиологический агент гепатита А. Другими выявленными новыми вирусами, патогенность которых еще не полностью прояснена, были: Бокавирус, Цирковирус, Айти Вирус и Козавирус. Широкое разнообразие видов, обнаруженных с помощью метагеномики, дает нам ключевую информацию о рисках для здоровья населения, существующих в городских реках Кито. Кроме того, в настоящем исследовании впервые описывается присутствие важных инфекционных агентов, о которых ранее не сообщалось в Эквадоре, и очень мало сообщений в Латинской Америке.
Название и аннотация на языке оригинала
Quito's virome: Metagenomic analysis of viral diversity in urban streams of Ecuador's capital city.
In Quito, the microbiological contamination of surface water represents a public health problem, mainly due to the lack of sewage treatment from urban wastewater. Contaminated water contributes to the transmission of many enteric pathogens through direct consumption, agricultural and recreational use. Among the different pathogens present in urban discharges, viruses play an important role on disease, being causes of gastroenteritis, hepatitis, meningitis, respiratory infections, among others. This study analyzes the presence of viruses in highly impacted surface waters of urban rivers using next-generation sequencing techniques. Three representative locations of urban rivers, receiving the main discharges from Quito sewerage system, were selected. Water samples of 500 mL were concentrated by skimmed-milk flocculation method and the viral nucleic acid was extracted and processed for high throughput sequencing using Illumina MiSeq. The results yielded very relevant data of circulating viruses in the capital of Ecuador. A total of 29 viral families were obtained, of which 26 species were associated with infections in humans. Among the 26 species identified, several were related to gastroenteritis: Human Mastadenovirus F, Bufavirus, Sapporovirus, Norwalk virus and Mamastrovirus 1. Also detected were: Gammapapillomavirus associated with skin infections, Polyomavirus 1 related to cases of kidney damage, Parechovirus A described as cause of neonatal sepsis with neurological affectations and Hepatovirus A, the etiologic agent of Hepatitis A. Other emergent viruses identified, of which its pathogenicity remains to be fully clarified, were: Bocavirus, Circovirus, Aichi Virus and Cosavirus. The wide diversity of species detected through metagenomics gives us key information about the public health risks present in the urban rivers of Quito. In addition, this study describes for the first time the presence of important infectious agents not previously reported in Ecuador and with very little reports in Latin America.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.