Автоматическое обнаружение и измерение вирусных репликационных отсеков путем регулировки эллипса.
Аннотация
Вирусы используют различные стратегии по захвату клеточной деятельности путем организованного набора макромолекул в конкретные клеточные микроокружения, вызванные вирусом. Adenoviruses (Ad) и другие вирусы ДНК вызывают широкомасштабную реорганизацию ядра клеток и образование комбинаций ядерного оплодотворения (RC), где вирусный геном реплицируется и выражается. В этой работе представлен автоматический алгоритм, предназначенный для обнаружения и сегментации КР с использованием эллипсов. В отличие от алгоритмов, имеющихся в литературе, этот подход является детерминистским, автоматическим и может корректировать несколько КР с помощью эллипсов. Предлагаемый алгоритм не является итеративным, расчетно-эффективным и инвариантным для аффинированных трансформаций. Этот метод был подтвержден как синтетическими изображениями, так и более чем 400 реальными изображениями ВИЧ-инфицированных клеток в различные сроки цикла тиражирования вирусов, в результате чего была получена соответствующая информация о биогенезе аденовальных КР. В качестве доказательства концепции алгоритм был затем использован для количественного сопоставления КР в клетках, инфицированных аденовирусным типом дикой природы или аденовирусным мутантом, который является ничтожным для выражения вирусного белка, который, как известно, влияет на деятельность, связанную с РК, что приводит к недостаточному производству вирусного потомства.
Название и аннотация на языке оригинала
Automatic detection and measurement of viral replication compartments by ellipse adjustment.
Viruses employ a variety of strategies to hijack cellular activities through the orchestrated recruitment of macromolecules to specific virus-induced cellular micro-environments. Adenoviruses (Ad) and other DNA viruses induce extensive reorganization of the cell nucleus and formation of nuclear Replication Compartments (RCs), where the viral genome is replicated and expressed. In this work an automatic algorithm designed for detection and segmentation of RCs using ellipses is presented. Unlike algorithms available in the literature, this approach is deterministic, automatic, and can adjust multiple RCs using ellipses. The proposed algorithm is non iterative, computationally efficient and is invariant to affine transformations. The method was validated over both synthetic images and more than 400 real images of Ad-infected cells at various timepoints of the viral replication cycle obtaining relevant information about the biogenesis of adenoviral RCs. As proof of concept the algorithm was then used to quantitatively compare RCs in cells infected with the adenovirus wild type or an adenovirus mutant that is null for expression of a viral protein that is known to affect activities associated with RCs that result in deficient viral progeny production.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.