MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1016/j.gdata.2016.10.006
Выявление защитных сигнатур генового выражения в селезенке во время вирусной инфекции Западного Нила в совместной перекрестной модели.
Аннотация
Флавивирусы представляют собой гематофагиозные артроподвирусы, которые создают глобальные проблемы для здоровья человека. Как и вирус Зика, вирус Западного Нила (ВНВ) — это аромат, для которого не существует утвержденной вакцины [1]. Роль генетики принимающей стороны в раннем обнаружении и реагировании на ВНВ по-прежнему в значительной степени остается необъяснимой. Чтобы зафиксировать воздействие генетической вариации на врожденную иммунную реакцию, мы изучали генное экспрессию после заражения ВНВ с помощью совместного креста (CC). CC — генетический ресурс мыши, состоящий из сотен независимо созданных, окто-родительских рекомбинантных мышиных линий [2]. Чтобы точно зафиксировать сигнатуры иммунного выражения инфекции Западного Нила, мы использовали нанострунговую платформу для оценки экспрессии в селезеночных тканях, изолированных от мышей CC, инфицированных WNV в течение 4, 7 и 12 дней после заражения [3]. Nanostring — цифровой метод, не основанный на амплификации, для категоризации генного выражения, использующий клетчатые молекулярные штрих-коды для обнаружения сотен стенограмм в образце. Используя этот подход, мы выявили уникальные генные сигнатуры в селезеночной ткани в 4, 7 и 12 дней после заражения ВНВ, которые выявили явные различия между асимптоматическими и симптоматическими линиями CC. Мы также определили новые иммунные гены. Данные были сданы на хранение в < < Джин экспресс комнибус > > после присоединения GSE86000.
Название и аннотация на языке оригинала
Identifying protective host gene expression signatures within the spleen during West Nile virus infection in the collaborative cross model.
Flaviviruses are hematophagous arthropod-viruses that pose global challenges to human health. Like Zika virus, West Nile Virus (WNV) is a flavivirus for which no approved vaccine exists [1]. The role host genetics play in early detection and response to WNV still remains largely unexplained. In order to capture the impact of genetic variation on innate immune responses, we studied gene expression following WNV infection using the collaborative cross (CC). The CC is a mouse genetics resource composed of hundreds of independently bred, octo-parental recombinant inbred mouse lines [2]. To accurately capture the host immune gene expression signatures of West Nile infection, we used the nanostring platform to evaluate expression in spleen tissue isolated from CC mice infected with WNV over a time course of 4, 7, and 12 days' post-infection [3]. Nanostring is a non-amplification based digital method to quantitate gene expression that uses color-coded molecular barcodes to detect hundreds of transcripts in a sample. Using this approach, we identified unique gene signatures in spleen tissue at days 4, 7, and 12 following WNV infection, which delineated distinct differences between asymptomatic and symptomatic CC lines. We also identified novel immune genes. Data was deposited into the Gene Expression Omnibus under accession GSE86000.
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.