STAR protocols · 2026
Isotope-free mapping of protein-RNA interactions at single-nucleotide resolution by iCLIP3.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despic Vladimir, Klostermann Melina, Orekhova Anna, Mesitov Mikhail, Busch Anke, Zarnack Kathi, König Julian, Müller-McNicoll Michaela
Аннотация
Individual-nucleotide resolution UV crosslinking and immunoprecipitation (iCLIP) enables transcriptome-wide mapping of RNA-binding protein (RBP)-RNA interactions. Here, we present iCLIP version 3 (iCLIP3), a streamlined protocol optimized for generating high-quality iCLIP libraries from low-input material. We describe steps for near-infrared visualization of RBP-RNA complexes, silica column-based RNA isolation, and unique dual indexing using TruSeq adapters for cost-effective multiplexing and sequencing. We detail a complete bioinformatics workflow to identify crosslinking events and define RBP binding sites from raw sequencing data.