Bioinformatics advances · 2026
maldipickr dereplicates microbial MALDI-TOF spectra to facilitate multiplexed isolation.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pauvert Charlie, Wylensek David, Nüchtern Selina, Clavel Thomas
Аннотация
MOTIVATION: Microbiologists use MALDI-TOF for fast and cheap identification of microbial isolates. However, most standard procedures rely on a commercial database. Bioinformatic tools to dereplicate MALDI-TOF spectra have been developed, but an open and resource-efficient tool to reduce the redundancy of microbial isolates is lacking. Here we develop "maldipickr" for de novo-clustering of MALDI-TOF spectra to dereplicate and select isolates, and thereby facilitate large-scale cultivation projects.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: The R package "maldipickr" is available through CRAN at https://doi.org/10.32614/CRAN.package.maldipickr along extensive documentation at https://clavellab.github.io/maldipickr.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: The R package "maldipickr" is available through CRAN at https://doi.org/10.32614/CRAN.package.maldipickr along extensive documentation at https://clavellab.github.io/maldipickr.