Cell genomics · 2026
MOSHPIT: Accessible, reproducible metagenome data science on the QIIME 2 framework.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ziemski Michal, Gehret Liz, Simard Anthony, Castro Dau Santiago, Risch Vinzent, Grabocka Doriela, Matzoros Christos, Wood Colin, Cabrera Paula Momo, Hernández-Velázquez Rodrigo, Schärer Milo R, Sandberg Felicia, Herman Chloe, Evans Keegan, Robeson Michael S, Bolyen Evan, Caporaso J Gregory, Bokulich Nicholas A
Аннотация
Metagenome sequencing has revolutionized functional microbiome analysis across diverse ecosystems but is fraught with technical hurdles. We introduce MOSHPIT (MOdular SHotgun metagenome Pipelines with Integrated provenance Tracking; https://moshpit.qiime2.org)-software built on the QIIME 2/rachis framework (Q2F) that integrates best-in-class CAMI II- and LEMMI-validated metagenome tools with robust provenance tracking and multiple user interfaces-enabling streamlined, reproducible metagenome analysis for all expertise levels. By building on Q2F, MOSHPIT enhances scalability, interoperability, and reproducibility in complex workflows, democratizing and accelerating discovery at the frontiers of metagenomics.