MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1186/s12985-025-03051-8
Геномическая характеристика и эволюционный анализ штаммов вируса Чикунгунья в Гуанчжоу, Китай, 2025 год.
Аннотация
Вирус Чикунгунья (CHIKV) — альфавирус, переходящий через комаров, который вызвал многочисленные широкомасштабные вспышки заболеваний и создает серьезную угрозу для здоровья населения. Недавно поступили сообщения о вспышках ЧИКВ в провинции Гуандун, Китай. Однако геномные данные и информация о местной передаче по-прежнему ограничены. Мы собрали у Гуанчжоу 19 образцов ЧИКВ и провели последовательность целых геномов через платформу Oxford Nanopore. Полученные последовательности подвергались мутации и филогенетическим анализам. Кроме того, аминокислотные заменители во время передачи были проанализированы с помощью DynaMut2 для оценки их потенциального воздействия на стабильность белка.
РЕЗУЛЬТАТЫ
Филогеологический анализ показал, что все 19 изолирующих веществ принадлежали к линии Восточного/Центрального/Южноафриканского (ЭКАС) и были тесно связаны с штаммом S27b03 (присоединение GenBank: PV685524.1) с острова Реюньон. По сравнению с S27b03, все изолирующие устройства имели с.3879 C > T замену. После последующей передачи с.7434G > Замена появилась в десяти изолированных. Было обнаружено несколько несинониозных мутации, включая p.G230R, p.R491Q и p.Q528/L в nsP1; p.V587M в nsP2; p.A180T в nsP4; p. I54V в E2; p.A47V в 6 K; и p.V220A в E1. Структурный прогноз с помощью DynaMut2 показал, что nsP1-G230R, nsP4-A180T, 6 K-A47V, E1-V220A и E2-I54V понизили устойчивость белка (ΔG ≤ -0,5 ккал/моль).
ВЫВОДЫ
Наши результаты свидетельствуют о том, что ЧИКВ изолирует Гуанчжоу от линии ЭКСА и генетически близок к штамму S27b03. В ходе локальной передачи наблюдаются генные мутации и замена аминокислот. Эти выводы обеспечивают полезную информацию для понимания распространения ЧИКВ и могут способствовать совершенствованию усилий по наблюдению и контролю.
Название и аннотация на языке оригинала
Genomic characterization and evolutionary analysis of Chikungunya virus strains in Guangzhou, China, 2025.
BACKGROUND
Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-borne alphavirus that has caused multiple widespread outbreaks and poses a significant public health threat. Recently, CHIKV outbreaks were reported in Guangdong Province, China. However, genomic data and information on local transmission remain limited.
METHODS
We collected 19 CHIKV-positive samples from Guangzhou and carried out whole-genome sequencing via the Oxford Nanopore platform. The obtained sequences were subjected to mutational and phylogenetic analysis. Furthermore, amino acid substitutions during transmission were analyzed via DynaMut2 to assess their potential effects on protein stability.
RESULTS
Phylogenetic analysis revealed that all 19 isolates belonged to the East/Central/South African (ECSA) lineage and were closely related to the S27b03 strain (GenBank accession: PV685524.1) from Réunion Island. Compared with S27b03, all the isolates carried a c.3879 C > T substitution. Following subsequent transmission, an additional c.7434G > A substitution appeared in ten isolates. Several nonsynonymous mutations were detected, including p.G230R, p.R491Q, and p.Q528L in nsP1; p.V587M in nsP2; p.A180T in nsP4; p. I54V in E2; p.A47V in 6 K; and p.V220A in E1. Structural prediction via DynaMut2 revealed that nsP1-G230R, nsP4-A180T, 6 K-A47V, E1-V220A, and E2-I54V decreased protein stability (ΔΔG ≤ -0.5 kcal/mol).
CONCLUSIONS
Our results indicate that CHIKV isolates from Guangzhou belong to the ECSA lineage and are genetically close to the S27b03 strain. During local transmission, gene mutations and amino acid substitutions are observed. These findings provide useful information for understanding CHIKV spread and may help improve surveillance and control efforts.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.