Communications biology · 2026
A Single-organoid Workflow for quantitative Imaging classiFication and Tracking (SWIFT).
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bracq Lucie, Guiet Romain, Offner Sandra, Kunz Béatrice, van der Goot Gisou, Brandenberg Nathalie
Аннотация
SWIFT (Single-organoid Workflow for quantitative Imaging classiFication and Tracking) is a fast and modular pipeline for quantitative, time-resolved organoid analysis from brightfield images. Requiring only minimal training annotations, SWIFT combines YOLOv8, SAM, and application-specific object classification to deliver accurate single-organoid segmentation, phenotyping, and tracking. The workflow is robust across organoid types and microscope systems. Applied to intestinal organoids, SWIFT uncovers dynamic Wnt-dependent morphological transitions, enabling scalable, high-throughput studies of epithelial plasticity.