MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1186/s12879-024-09200-8
Спатиовременное распространение и эволюция вируса Ласса в Западной Африке.
Аннотация
Геморрагическая лихорадка Ласса - это геморрагическая болезнь, вызванная вирусом Ласса (LASV), которая была классифицирована Всемирной организацией здравоохранения как одна из главных инфекционных заболеваний, требующих приоритетных исследований. Предыдущие исследования позволили получить представление о классификации и географических характеристиках ЛАГВ. Однако фактор распространения и эволюции и филодинамики вируса по-прежнему ограничен.
МЕТОДЫ
Для углубления всеобъемлющего понимания LASV мы использовали филогенетический анализ, повторное объединение и обнаружение рекомбинации, а также оценку вариаций с использованием общедоступных последовательности вирусных геномов.
Результаты
Согласно оценкам, корень времени самого последнего общего предка (TMRCA) для большого сегмента (L) составлял приблизительно 634 (95% HPD: [385879]), тогда как для небольшого сегмента (S) TMRCA был примерно 1224 (95% HPD: [10301401]). LASV распространилась главным образом с востока на запад в Западной Африке по двум маршрутам, а по пути 2 вирус независимо распространился на окружающие страны через Либерию, что привело к более широкому распространению LASV. С 1969 по 2018 год фактическая численность населения значительно возросла, что свидетельствует об увеличении генетического разнообразия ЛАГВ. Мы также обнаружили, что скорость эволюции сегмента L была быстрее, чем сегмента S, дополнительные результаты показали, что у связывающего цинк белка была самая быстрая скорость эволюции. События, связанные с возвращением, были обнаружены в ряде линий, включая подлиний IIg, а события, связанные с рекомбинацией, наблюдались в рамках линии V. Были выявлены значительные изменения аминокислот в прекурсоре Гликпротеина LASV, что свидетельствует о разнообразии последовательности между линиями в LASV.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
В настоящем исследовании содержится исчерпывающая информация о передаче и эволюции LASV в Западной Африке, содержащая подробную информацию о событиях, связанных с повторным объединением, рекомбинациях и вариациях аминокислот.
Название и аннотация на языке оригинала
Spatio-temporal spread and evolution of Lassa virus in West Africa.
BACKGROUND
Lassa fever is a hemorrhagic disease caused by Lassa virus (LASV), which has been classified by the World Health Organization as one of the top infectious diseases requiring prioritized research. Previous studies have provided insights into the classification and geographic characteristics of LASV lineages. However, the factor of the distribution and evolution characteristics and phylodynamics of the virus was still limited.
METHODS
To enhance comprehensive understanding of LASV, we employed phylogenetic analysis, reassortment and recombination detection, and variation evaluation utilizing publicly available viral genome sequences.
RESULTS
The results showed the estimated the root of time of the most recent common ancestor (TMRCA) for large (L) segment was approximately 634 (95% HPD: [385879]), whereas the TMRCA for small (S) segment was around 1224 (95% HPD: [10301401]). LASV primarily spread from east to west in West Africa through two routes, and in route 2, the virus independently spread to surrounding countries through Liberia, resulting in a wider spread of LASV. From 1969 to 2018, the effective population size experienced two significant increased, indicating the enhanced genetic diversity of LASV. We also found the evolution rate of L segment was faster than S segment, further results showed zinc-binding protein had the fastest evolution rate. Reassortment events were detected in multiple lineages including sub-lineage IIg, while recombination events were observed within lineage V. Significant amino acid changes in the glycoprotein precursor of LASV were identified, demonstrating sequence diversity among lineages in LASV.
CONCLUSION
This study comprehensively elucidated the transmission and evolution of LASV in West Africa, providing detailed insights into reassortment events, recombination events, and amino acid variations.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.