Genome biology · 2014
Enhanced methods for unbiased deep sequencing of Lassa and Ebola RNA viruses from clinical and biological samples.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Matranga Christian B, Andersen Kristian G, Winnicki Sarah, Busby Michele, Gladden Adrianne D, Tewhey Ryan, Stremlau Matthew, Berlin Aaron, Gire Stephen K, England Eleina, Moses Lina M, Mikkelsen Tarjei S, Odia Ikponmwonsa, Ehiane Philomena E, Folarin Onikepe, Goba Augustine, Kahn S Humarr, Grant Donald S, Honko Anna, Hensley Lisa, Happi Christian, Garry Robert F, Malboeuf Christine M, Birren Bruce W, Gnirke Andreas, Levin Joshua Z, Sabeti Pardis C
Аннотация
We have developed a robust RNA sequencing method for generating complete de novo assemblies with intra-host variant calls of Lassa and Ebola virus genomes in clinical and biological samples. Our method uses targeted RNase H-based digestion to remove contaminating poly(rA) carrier and ribosomal RNA. This depletion step improves both the quality of data and quantity of informative reads in unbiased total RNA sequencing libraries. We have also developed a hybrid-selection protocol to further enrich the viral content of sequencing libraries. These protocols have enabled rapid deep sequencing of both Lassa and Ebola virus and are broadly applicable to other viral genomics studies.