MedElevator
Войти в исследования Сканирование по всему геному дает основания для положительного отбора генов, связанных с лихорадкой Ласса.
Аннотация
Быстро развивающиеся вирусы и другие патогены могут оказывать огромное воздействие на эволюцию человека, поскольку естественный отбор приводит к увеличению распространенности генетических вариантов, обеспечивающих устойчивость к болезням. С появлением больших наборов данных о генетической вариации человека мы можем искать подписи естественного отбора в геноме человека под воздействием таких микроорганизмов, вызывающих болезни. Исходя из этого подхода, мы ранее гипотезуем, что вирус Ласса (LASV), возможно, был движущей силой естественного отбора населения Западной Африки, где геморрагическая лихорадка Ласса носит эндемический характер. В этом исследовании мы приводим дополнительные доказательства в пользу этого понятия. Применив тесты для отбора данных по всему геному, полученные от Международного консорциума карт гаплотипа и Консорциума по 1000 геномам, мы показываем доказательства положительного отбора в LARGE и Interleukin 21 (IL21), двух генов, связанных с инфекцией LASV и иммунитетом. Мы далее локализовали сигналы отбора с использованием недавно разработанного композитного метода множественных сигналов для интронов и предлагаемых регионов регулирования этих генов. Наши результаты говорят о том, что естественный отбор может иметь адресные варианты, что приводит к альтернативному скрещиванию или дифференциальному геновому выражению LARGE и IL21. В целом, наше исследование подтверждает гипотезу о том, что избирательное давление, оказываемое ЛАГВ, могло привести к появлению конкретных аллеев, оказывающих сопротивление лихорадке Ласса, и открывает новые возможности для проведения исследований.
Название и аннотация на языке оригинала
Genome-wide scans provide evidence for positive selection of genes implicated in Lassa fever.
Rapidly evolving viruses and other pathogens can have an immense impact on human evolution as natural selection acts to increase the prevalence of genetic variants providing resistance to disease. With the emergence of large datasets of human genetic variation, we can search for signatures of natural selection in the human genome driven by such disease-causing microorganisms. Based on this approach, we have previously hypothesized that Lassa virus (LASV) may have been a driver of natural selection in West African populations where Lassa haemorrhagic fever is endemic. In this study, we provide further evidence for this notion. By applying tests for selection to genome-wide data from the International Haplotype Map Consortium and the 1000 Genomes Consortium, we demonstrate evidence for positive selection in LARGE and interleukin 21 (IL21), two genes implicated in LASV infectivity and immunity. We further localized the signals of selection, using the recently developed composite of multiple signals method, to introns and putative regulatory regions of those genes. Our results suggest that natural selection may have targeted variants giving rise to alternative splicing or differential gene expression of LARGE and IL21. Overall, our study supports the hypothesis that selective pressures imposed by LASV may have led to the emergence of particular alleles conferring resistance to Lassa fever, and opens up new avenues of research pursuit.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.