Journal of chemical information and modeling · 2026
DynoPore─A Package to Analyze Molecular Dynamics Trajectories of Confined Liquids.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Kunigal Vijaya Shankar Samanvitha, Ewels Christopher P, Claveau Yann
Аннотация
We present a Python package, DynoPore, to study the liquids confined in cylindrical and slit-like geometries. Structural analysis functions such as density profiles and radial distribution functions are included to facilitate the understanding of the environment and local structure of liquid molecules within the confined systems. For dynamics, DynoPore includes region-resolved mean-squared displacement and lifetime functions to investigate molecular motion in different regions of the pore. For ionic systems, Dynopore also offer Nernst-Einstein and Einstein-Helfand conductivity analysis functions. By combining these structural and dynamical analysis tools in a single, user-friendly framework, DynoPore delivers a convenient and comprehensive package to analyze confined liquids.