Молекулярная диагностика и генетическая характеристика высокопатогенных вирусов: применение во время вспышек геморрагической лихорадки в Восточной Европе и на Ближнем Востоке.

Несколько геморрагических лихорадок вызываются высокопатогенными вирусами, которые должны быть обработаны при ограничении уровня 4 по биобезопасности (BSL-4). Эти зоонотические инфекции оказывают значительное воздействие на здоровье населения, и разработка быстрого и дифференцированного диагноза в случае вспышки в районах риска является одной из важнейших приоритетных задач. Для этой цели мы продемонстрировали потенциал ресепшнирования ДНК (PathogenID v2.0). Микропоказатель был впервые подтвержден in vitro с использованием супернатантов клеток, инфицированных прототипами штаммов из пяти различных семей вирусов BSL-4 (например, семейства Аренавиридае, Буньявиридае, Филовиридае, Флавивиридае и Парамиксовиридае). РНК была расширена на основе изотермальной амплификации Phi29 полимеразы до гибридизации. Мы смогли обнаружить и охарактеризовать вирус Нипы и вирус геморрагической лихорадки Крыма-Конго (CSFV) в мозгах экспериментально инфицированных животных. В конечном счете, из-за недавних вспышек эпидемии в Турции, Косово и Иране в качестве парадигмы для эпидемий был использован CFV. Вирусные варианты, присутствующие в сере человека, характеризовались анализом BLASTN. По оценкам, коэффициент чувствительности составляет 10(5)-10(6) ПФУ/мл гибридизированных СДНК. Конкретность обнаружения ограничивалась вирусными последовательностьми, имеющими ~13-14% глобального расхождения с последовательности, или участками ~20 идентичных нуклеотидов. Эти результаты свидетельствуют о преимуществах использования " Патогенид в 2.0 " , ресепшнирующего микроаварию, для характеристики географических вариантов в рамках последующей деятельности в связи с эпидемиями геморрагической лихорадки; для управления пациентами и защиты общин; и в случаях биотерроризма.