MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1371/journal.pntd.0006738
Филогеномический анализ раскрывает эволюцию вируса желтой лихорадки внутри хостов.
Аннотация
Вирус желтой лихорадки (YFV) недавно появился во время крупных вспышек в Африке и Бразилии, и первые импортированные в Азию пациенты напомнили о проблемах эволюции YFV. Здесь мы показываем филогеномию YFV с серийными клиническими образцами инфекций YFV 2016 года. Филогенетика показала, что штаммы 2016 года были близки к штамму в Анголе 1971 года и только три аминокислотные изменения были новыми для других линий. Глубокая последовательность вирусных геномов выявила 101 внутреннюю вариацию одного нуклеотида (ISNV) и 234 единичные нуклеотидные полиморфизмы (SNPs). Анализ распределения ИСНВ и мутируемой частоты аллеле показал, что регионы кодирования находятся в процессе очищения. Сопоставление эволюционных темпов, оцениваемых ISNV и SNP, показало, что уровень внутриприемника в 2,25 раза выше, чем уровень эпидемии, и оба показателя были выше, чем, как ожидалось, долгосрочный коэффициент замещения YFV. Кроме того, результат также намекнул на то, что короткая виремия продолжительности YFV может еще больше затруднить эволюцию YFV.
Название и аннотация на языке оригинала
Phylogenomic analysis unravels evolution of yellow fever virus within hosts.
The yellow fever virus (YFV) recently reemerged in the large outbreaks in Africa and Brazil, and the first imported patients into Asia have recalled the concerns of YFV evolution. Here we show phylogenomics of YFV with serial clinical samples of the 2016 YFV infections. Phylogenetics exhibited that the 2016 strains were close to Angola 1971 strains and only three amino acid changes presented new to other lineages. Deep sequencing of viral genomes discovered 101 intrahost single nucleotide variations (iSNVs) and 234 single nucleotide polymorphisms (SNPs). Analysis of iSNV distribution and mutated allele frequency revealed that the coding regions were under purifying selection. Comparison of the evolutionary rates estimated by iSNV and SNP showed that the intrahost rate was ~2.25 times higher than the epidemic rate, and both rates were higher than the long-term YFV substitution rate, as expected. In addition, the result also hinted that short viremia duration of YFV might further hinder the evolution of YFV.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.