MedElevator
Войти в исследования Возрождение и молекулярная эпидемиология серотипа 4 вируса денге во время пандемии COVID-19 в Таиланде.
Аннотация
ВВЕДЕНИЕ
4-й серотип вируса Денга (DENV4) совместно с другими серотипами в Таиланде - гиперэпидемиологическая среда, характеризующаяся циклическими изменениями в преобладании серотипа. Во время пандемии COVID-19 соответствующие мероприятия в области общественного здравоохранения, возможно, оказали влияние на динамику обнаружения, передачи и эпидемиологической динамики денге.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
В общей сложности 413 образцов NS1/PCR-положительные пробы, собранные в период с 2018 по 2024 год в третичной больнице в Бангкоке, были серотипированы с использованием анализа подстилки PCR DENV1-4 в режиме реального времени. Сорок семь образцов DENV4 с положительной реакцией (Ct < 32) прошли последовательность целых генов с использованием панели ATOPlex DENV1-4 на платформе DNBSEQ-G99RS. Последовательные записи обрабатывались с помощью CLC Genomics Workbench, за ними следовали филогенетические, мутации, кододонное давление, а также анализы эпитопного картирования.
Результаты
DENV4 был выявлен в 18,2% (75/413) проб, причем 48% случаев требуют госпитализации. Уровень обнаружения заметно возрос с 11,8% (22/186) в 2018 - 2021 годах - 23,3% (53/227) в 2022 - 2024 годах (доля, 1,97; p = 0,0025). Из 47 целых геномных выборок большинство штаммов были сгруппированы в генотипе I, 4I_A.3, и продемонстрировали родственные несинонимные заменители. NS1-A90T, NS2A-L113F и NS3-F523Y появились исключительно в течение 2022-2024 годов (p < 0,001), в то время как NS2A-L113F, NS5-G223S и NS5-Q631R продемонстрировали совпадающие сигналы положительного отбора со стороны FEL и MEME.
ВЫВОДЫ
Это исследование, проведенное в больнице, свидетельствует об увеличении числа случаев обнаружения DENV4 в Бангкоке в 2022-2024 годах по сравнению с 2018-2021 годами, сопровождаемое преобладанием линейки 4I_A.3, отличающейся от малазийских и индонезийских штаммов, о которых сообщалось в аналогичный период. Эти результаты способствуют комплексному клиническому и геномному наблюдению в целях мониторинга динамики серотипа и генотипа ДЕНВ и информирования населения о стратегиях в области здравоохранения и вакцинации.
Название и аннотация на языке оригинала
Resurgence and molecular epidemiology of dengue virus serotype 4 amid the COVID-19 pandemic in Thailand.
INTRODUCTION
Dengue virus serotype 4 (DENV4) co-circulates with other serotypes in Thailand, a hyperendemic setting characterized by cyclical shifts in serotype predominance. During the COVID-19 pandemic, related public health interventions may have influenced dengue detection, transmission and epidemiological dynamics.
MATERIALS AND
METHODS
A total of 413 dengue NS1/PCR-positive samples collected from 2018 to 2024 at a tertiary hospital in Bangkok were serotyped using a real-time PCR DENV1-4 subtyping assay. Forty-seven DENV4-positive samples (Ct < 32) underwent whole-genome sequencing using the ATOPlex DENV1-4 panel on the DNBSEQ-G99RS platform. Sequencing reads were processed using CLC Genomics Workbench, followed by phylogenetic, mutation, codon-based selection-pressure, and epitope-mapping analyses.
RESULTS
DENV4 was identified in 18.2% (75/413) of samples, with 48% of cases requiring hospitalization. Detection increased markedly from 11.8% (22/186) during 2018-2021-23.3% (53/227) during 2022-2024 (proportion ratio, 1.97; p = 0.0025). Among the 47 whole-genome-sequenced samples, most strains clustered within genotype I lineage 4I_A.3 and showed lineage-associated non-synonymous substitutions. NS1-A90T, NS2A-L113F, and NS3-F523Y appeared exclusively during 2022-2024 (p < 0.001), whereas NS2A-L113F, NS5-G223S, and NS5-Q631R showed concordant positive-selection signals by FEL and MEME.
CONCLUSIONS
This hospital-based study highlights an increase in DENV4 detection in Bangkok during 2022-2024 compared with 2018-2021, accompanied by predominance of lineage 4I_A.3 distinct from Malaysian and Indonesian strains reported during a similar period. These findings support integrated clinical and genomic surveillance to monitor DENV serotype and genotype dynamics and inform public health and vaccine strategies.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.