Геномический анализ разнообразия позволяет разработать пандемические датчики Тогольда РНК.

Вирус Денге (DENV), как и многие другие вирусы РНК, отличается высоким разнообразием геномной последовательности. Это затрудняет диагностику на основе нуклеиновой кислоты, что делает их неэффективными при обнаружении различных штаммов ДЕНВ, циркулирующих в популяции. В этом исследовании мы решим эту проблему, разработав сенсорный анализ Тохольда, который показывает, что, несмотря на значительное геномное разнообразие, мы можем обнаружить ~99,4% всех штаммов DENV. С этой целью наш индивидуальный рабочий процесс сначала определяет относительно сохранившиеся короткие протяженности (36-nt) во всех геномах DENV, которые потенциально могут служить в качестве пусковых механизмов, которые активируют датчики Tohold RNA. Затем мы добавляем решающий шаг к несоответствию, который позволяет тому же датчику эффективно распознавать соответствующие спусковые системы с высокой последовательности и множественными несоответствиями в регионе, имеющем обязательную силу для датчиков. Развернув витротранскрипции, мы показываем, что разработанные сенсоры смогли эффективно ощутить мишени РНК, срабатывающие из всех четырёх серотипов DENV. Эти данные свидетельствуют о том, что несколько датчиков RNA Tohold смогли выдержать ограниченное несоответствие в последовательности целевых RNA без ущерба для реакции. Чувствительность анализа датчика Тохольда часто повышается в результате включения изотермального этапа усиления RNA. Мы показываем, используя несколько демпферов, что различные пусковые РНК всех четырёх серотипов вируса денге могут быть успешно расширены и впоследствии обнаружены одним и тем же датчиком. В совокупности этот подход привел к проведению анализа сенсорного датчика " Тохольд " , который представляет собой мощную платформу обнаружения нуклеиновой кислоты для обнаружения вирусов с высоким разнообразием последовательности.