STAR protocols · 2025
Protocol for finding genetic variation associated with unmeasured traits through GenomicSEM common-factor GWAS.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Johnston Keira J A, Signer Rebecca, Huckins Laura M
Аннотация
Here, we present a protocol for finding genetic variation associated with unmeasured traits using common-factor genome-wide association study (GWAS) using genomic structural equation modeling (GenomicSEM), applied here to nociplastic pain. We use existing GWAS for six chronic overlapping pain condition traits. We describe steps for preparing the computing environment and packages, identifying relevant GWAS and retrieving summary statistics, preparing summary statistics for multivariable Linkage Disequilibrium-score regression, and running common-factor GWAS using GenomicSEM without and with individual single-nucleotide polymorphism (SNP) effects. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Johnston et al.1.