STAR protocols · 2025
Protocol for obtaining cancer type and subtype predictions using subSCOPE.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Grewal Jasleen K, Robertson A Gordon, Ellrott Kyle, Wong Christopher K, Lee Jordan A, Yau Christina, Tercan Bahar, Castro Mauro A A, Benz Christopher C, Cancer Genome Atlas Analysis Network, Zenklusen Jean C, Cherniack Andrew D, Laird Peter W, Jones Steven J M
Аннотация
We present a protocol for obtaining cancer type and subtype predictions using a machine learning method (subSCOPE). We describe steps for data preparation, subSCOPE setup, and running subSCOPE inference on prepared data. The protocol supports five -omics data types as input (DNA methylation, gene expression, microRNA [miRNA] expression, point mutations, and copy-number variants) and allows individual cancer type and data type selection. For non-The Cancer Genome Atlas (TCGA) cancer samples, it provides subtype-level classification across 26 different TCGA cancer cohorts and 106 subtypes. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Ellrott et al.1.