STAR protocols · 2025
Protocol for sequence clustering with PaSiMap in Jalview.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Morell Thomas, Procter James, Barton Geoffrey J, Diederichs Kay, Mayans Olga, Fleming Jennifer R
Аннотация
Pairwise similarity mapping (PaSiMap), implemented in Jalview, serves as an alternative to principal component analysis (PCA) for analyzing protein sequence relationships without requiring pre-computed multiple sequence alignments. It excels at distinguishing between systematic and random differences in datasets. Here, we present a protocol for sequence clustering with PaSiMap in Jalview. We describe steps for installation, sequence importing, and running PaSiMap analyses. We also detail procedures for plotting and data interpretation in RStudio, offering a streamlined approach for visualizing and analyzing protein sequence relationships effectively.