MedElevator Войти в исследования
← Поиск публикаций

DOI 10.1063/5.0233683

Медицинская библиотека · The Journal of chemical physics · 2024

relentless: Transparent, reproducible molecular dynamics simulations for optimization.

Sreenivasan Adithya N, Petix C Levi, Sherman Zachary M, Howard Michael P

СтатьяПеревод в очереди

Аннотация

relentless is an open-source Python package that enables the optimization of objective functions computed using molecular dynamics simulations. It has a high-level, extensible interface for model parameterization; setting up, running, and analyzing simulations natively in established software packages; and gradient-based optimization. We describe the design and implementation of relentless in the context of relative entropy minimization, and we demonstrate its abilities to design pairwise interactions between particles that form targeted structures. relentless aims to streamline the development of computational materials design methodologies and promote the transparency and reproducibility of complex workflows integrating molecular dynamics simulations.

Для цитирования: Sreenivasan Adithya N, Petix C Levi, Sherman Zachary M, Howard Michael P. relentless: Transparent, reproducible molecular dynamics simulations for optimization.. The Journal of chemical physics. 2024. DOI: 10.1063/5.0233683.
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…

История · было → стало

Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.

Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.