MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1007/s11262-024-02100-8
Сравнительная геномика и эволюционный анализ штаммов вируса денге, циркулирующих в Пакистане.
Аннотация
Вирус лихорадки денге (ДЕНВ) представляет серьезную угрозу для здоровья населения в тропических и субтропических регионах мира. Несмотря на то, что вирус лихорадки денге (ДЕНВ) обладает значительным генетическим разнообразием и потенциалом развития, в Пакистане отсутствуют всеобъемлющие исследования относительно сравнительной геномики и эволюционной динамики этого вируса. Филиогенетический анализ показал циркуляцию всех четырех серотипов вируса денге (DENV-1, - 2, - 3 и - 4) с преобладающими генотипами III и V в рамках DENV-1, космополитического генотипа в рамках DENV-2, генотипа III в рамках DENV-3 и генотипа I в рамках DENV-4 в течение 2006 - 2014 годов. Исходя из всего региона конвертирования, сигнатура генома и генетическое разнообразие указывают на высокий уровень генетического разнообразия между штаммами DENV-1, в то время как штаммы DENV-3 проявляют наименьшее генетическое разнообразие. Сопоставительный анализ всех четырех серотипов DENV показал, что некоторые кодоны в DENV-2 и -4. Эти выводы позволили получить ценную информацию о сравнительной геномике и эволюционной структуре штаммов ДЕНВ, сообщенных Пакистаном. Вопрос о том, дают ли эти характеристики функциональное преимущество генотипам DENV-1 в рамках конкретной географии и во времени, требует дальнейшего изучения. Результаты нынешнего исследования будут способствовать отслеживанию динамики заболеваний, пониманию передачи и эволюции вирусов и разработке эффективных стратегий борьбы с заболеваниями.
Название и аннотация на языке оригинала
Comparative genomics and evolutionary analysis of dengue virus strains circulating in Pakistan.
Dengue fever virus (DENV) poses a significant public health risk in tropical and subtropical regions across the world. Although the dengue fever virus (DENV) exhibits significant genetic diversity and has the potential to evolve, there is a lack of comprehensive research on the comparative genomics and evolutionary dynamics of the virus in Pakistan. Phylogenetic analysis demonstrated the circulation of all four dengue virus serotypes (DENV-1, - 2, - 3, and - 4) with prevalent genotypes III and V within DENV-1, cosmopolitan genotype within DENV-2, genotype III within DENV-3, and genotype I within DENV-4 during 2006-2014. Based on the complete envelope region, genome-wide residue signature and genetic diversity indicate that there is a high level of genetic diversity among DENV-1 strains, while DENV-3 strains exhibit the least genetic diversity. Comparative analysis of all four DENV serotypes revealed that certain codons in DENV-2 and -4 were subject to strong purifying selection, while a few codon sites in the envelope region showed evidence of positive selection. These findings provided valuable insights into the comparative genomics and evolutionary pattern of DENV strains reported from Pakistan. Whether those characteristics conferred a fitness advantage to DENV-1 genotypes within a specific geography and time interval warrants further investigations. The findings of the current study will contribute to tracking disease dynamics, understanding virus transmission and evolution, and formulating effective disease control strategies.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.