Важную роль в эволюции герпесвирусов сыграли внутреннюю конфигурацию и переключатели.

В периоды, когда герпесвирусные геномные данные были скудными, сопутствующая связь между этими вирусами и их хозяевами считалась общепринятым знанием. Однако по мере появления большего числа герпесвировальных последовательностей анализы сверки деревьев начали обнаруживать топологические несоответствия между хостингом и вирусными филогениями, что указывает на то, что другие кофилогенетические явления, такие, как внутриприемная съемка и смена хостов, вероятно, сыграли важную роль в течение более чем 200 миллионов лет эволюционной истории этих вирусов. Сверка деревьев с недатированными филогениями может выявить топологические различия, однако она не дает достаточной информации для выявления временнóй несопоставимости между разницей во времени между принимающими и вирусными видами. В этом исследовании мы провели кофилогенетический анализ с использованием очищенных от времени деревьев герпесвирусов и их носителей на основе тщательного моделирования молекулярных часов. Такой подход позволил нам с течением времени определить кофилогенетические события, а также интегрировать информацию о биогеографии хост-вируса, чтобы лучше понять историю эволюции хост-вируса. С учетом растущего объема имеющихся в настоящее время данных о последовательности стали более очевидными несоответствия между хостингом и вирусными филогениями, и с учетом таких филогенетических различий при всех сверках деревьев часто обнаруживались хостинговые переключатели, внутриприводные конфигурации и потери. Для всех подсемейств в Герпесвириде, при всех исследуемых нами сценариях, внутрипризрачная конфигурация и смена хостов были более частыми, чем сопровождение, которое было продемонстрировано редким явлением, ограничивающимся контекстами, в которых топологическая и временная модели вирусной и хостинговой эволюции были строго согласованы.